Филогенетика и изучение биоразнообразия

Для этой статьи я сделала выравнивание из 20 последовательностей. Как делать выравнивания в Geneious я написала в предыдущей статье. Это все один маркер, цитохром оксидаза с субъединица 1, баркодинговый регион. Это все представители одного рода, очень близкие виды. При таком увеличении черным обозначены позиции, где нуклеотиды отличаются. Надо ли что-то с этим делать? На самом деле в зависимости от ваших целей выравнивание можно редактировать по-разному. Давайте посмотрим на выравнивание поближе...

В прошлый раз я рассказала, как работать с контигами в Geneious. Допустим, вы их просмотрели, приняли решение по каждому нуклеотиду. Обрезали, если посчитали нужным. Что дальше? Для анализа надо сделать выравнивание. Оно нужно для того, чтобы сопоставить позиции разных последовательностей друг с другом, и понять, в какой позиции произошли замены. Ниже я привожу ссылки на некоторые видео о том, как работают разные алгоритмы. Однако таких видео в интернете много, они разные по длительности, по освещаемым аспектам, на разных языках...

В прошлых статьях я объяснила, как загружать сырые сиквенсы в Geneious, как проверять их качество и как делать контиги. Ну вот у нас есть контиги, что с ними делать дальше? Я рекомендую поместить их в другую папку. Для этого можно их выделить и воспользоваться выпадающим меню, как на картинке. То есть их можно вырезать или скопировать, а потом также поместить в другую папку, путем опции Paste. Кнопки Ctrl-C, Ctrl-X, Ctrl-V тоже работают. Вот я у меня два контига в папке. Можно нажать на один из них, и посмотреть на него в нижнем окне...

До этого я написала, как загружать сырые последовательности в Geneious, и как проверять их качество. Допустим, последовательности загружены, мы убедились, что это те последовательности, которые нужны. Что делать дальше? ПЦР мы ставим с двумя праймерами, чтобы последовательность прочиталась с двух цепочек ДНК. В идеале, и на секвенирование надо отдавать с двух праймеров, поскольку если у нас есть две последовательности, которые должны быть комплементарными, то легче контролировать результат. Если...

В прошлой статье я написала, как загружать последовательности в Geneious. Что делать с ними дальше? В информации о последовательности есть несколько столбиков. Я рекомендую обращать на них внимание, потому что там может быть полезная информация, и разные столбики могут быть нужны в разных случаях. Сейчас нам интересны только три из них. Первая колонка, на которую стоит обратить внимание - это sequence length, то есть длина сырой последовательности. Как видно, изначально у всех длина разная. Если последовательность получилась очень короткая, скорее всего, что-то пошло не так...