Основы филогенетики и морфологическая филогенетика

Я написала почти все, что хотела по поводу морфологического анализа. Приведенной мною информации достаточно для того, чтобы провести анализ и объяснить что и зачем вы делали. Конечно, существует много разных тонкостей и дополнений. И про некоторые из них я еще напишу. Например, я собираюсь объяснить, как считать морфологические матрицы с помощью Байесова анализа, но для этого надо сначала объяснить, что такое Байесов анализ. Эту статью я решила посвятить тому, чтобы описать план действий для проведения парсимониального анализа. 1. Поставить цель вашего исследования. То есть четко решить, что вы хотите протестировать...

Эта статья посвящена только основам работы с деревьями и признаками в TNT. Как я уже упомянула ранее, у этой программы много функций, эта статья посвящена только работе с программой, когда в ней подгружена морфологическая матрица, и с матрицей связано дерево (или деревья) (как подгружать деревья таким образом я объясняла здесь и здесь). Сперва очень важно понимать, что при обилии функций, Mesquite не может развешивать признаки на деревья, как это делает Winclada. Поэтому для статьи все равно удобнее сохранять дерево из Winclada...

Последовательность очень похожа на ту, что описана в предыдущей статьей, про открытие деревьев из PAUP в Mesquite. Главная разница в том, что Mequite воспринимает формат записи PAUP как свой, а из TNT и Winclada он попросить импортировать деревья. Как сохранять деревья из TNT, я уже рассказывала ранее, смотрите здесь. Нужно все сделать так, как описано там, выбрав формат Open, Parenthetical. Вот так лаконично выглядит .tre файл в исполнении TNT. Дерево записывается только с помощью чисел. Каждый таксон зашифрован числом, которое соответствует его порядку в матрице...

TNT и PAUP подходят для парсимониального анализа, есть у них свои выгодные особенности. Например, и там, и там, в отличие от NONA (Winclada) можно посчитать branch-and-bound. Кроме того, в TNT используются алгоритмы, которые позволяют проводить анализ быстро, также там можно посчитать поддержки Бремера. Однако с признаками гораздо удобнее работать в Winclada, также в Mesquite есть возможности работы с признаками и деревьям, о которых тоже стоит знать. Давайте посмотрим, как можно конвертировать полученное дерево из TNT и PAUP в Mesquite, а потом в Winclada...

И вот я подошла к тому, ради чего вообще стала писать про PAUP - это successive weighting. Что такое взвешивание признаков и чем отличается априорное от апостериорного взвешивания, и для чего они нужны, я уже объясняла ранее. Successive weighting - это один из способов применить апостериорное взвешивание, то есть понять, насколько получившееся дерево стабильно и согласованы ли признаки. Про другой вариант апостериорного взвешивания, implied weigthing, я тоже уже написала ранее. Чтобы посчитать...

Про то, как запускать анализ в PAUP, я написала до этого (часть 1 и часть 2). Стандартный функционал PAUP позволяет считать только статистические поддержки, то есть Bootrstrap и Jackknife. Их можно запустить, сначала загрузив матрицу (смотри предыдущую статью), а потом выбрав в основном меню Analysis, и в выпадающем меню Bootstrap/Jackknife. Появится вот такое окно. Тут можно выбрать, тип поддержек. Начну с Bootstrap и оставлю галку на этом типе. Также поставлю галку на Resample, автоматические количество признаков, которые будут копироваться - 66 (то есть все), это нужно оставить так...