Птолемей VIII, прозванный современниками за физические особенности Фисконом («Толстяком» или «Пузатым»), вступил на престол в 145 году до н.э. после смерти своего брата Птолемея VI Филометора. Согласно сложившейся династической практике, он женился на своей сестре Клеопатре II, вдове покойного царя. Стремясь укрепить собственную власть и создать альтернативный центр влияния, он также взял в жены юную дочь Клеопатры II и Птолемея VI, Клеопатру III. Это событие, случившееся около 142 года до н.э., было не просто скандальным аморальным поступком с точки зрения эллинистических норм, брак с собственной племянницей и падчерицей воспринимался как кощунство.
Отношения между двумя сестрами-соперницами, матерью и дочерью, и царем, разрывавшимся между ними, стали источником постоянной напряженности. В 132 году до н.э. эта напряженность переросла в открытую войну. Клеопатра II, обладающая значительной поддержкой среди александрийской аристократии и части армии, подняла восстание против своего брата и мужа. Птолемей VIII и Клеопатра III были вынуждены бежать из Александрии на Кипр. Ответные меры Птолемея VIII отличались крайней жестокостью. В отместку за мятеж он приказал убить мемфисского сына Клеопатры II, рожденного от Птолемея VI, а его расчлененное тело послал матери в день ее рождения.
Гражданская война быстро распространилась за пределы Александрии. Египетское население, особенно в Верхнем Египте, исторически недовольное фискальной политикой Птолемеев, воспользовалось случаем для выступления против центральной власти. По словам римского историка Юстина, «война велась с такой яростью, что вся столица (Александрия) была залита кровью». Экономика страны, основанная на сложной системе сельскохозяйственного производства и международной торговли, оказалась парализована. Птолемей VIII, чтобы вернуть контроль над столицей, прибег к тактике террора, приказав своим солдатам устраивать массовые казни сторонников Клеопатры II.
Клеопатра II, оказавшись в затруднительном положении, обратилась за помощью к царю Сирии Деметрию II Никатору, предложив ему египетскую корону. Деметрий вторгся в Египет, но его кампания оказалась неудачной и лишь усугубила хаос. Самым значительным внешнеполитическим последствием междоусобицы стало прямое вмешательство Рима. Римская республика, уже продемонстрировавшая свою гегемонию в регионе во время кризиса с Антиохом IV в 168 году до н.э., внимательно следила за ослаблением царства Птолемеев. Внутренняя слабость Египта делала его легкой добычей и усиливала зависимость александрийского двора от решений римского сената. Птолемей VIII был вынужден хитрить и изворачиваться, демонстрируя лояльность Риму, чтобы сохранить трон.
К 124 году до н.э. стороны конфликта, истощенные длительной борьбой, пошли на формальное примирение. Был заключен так называемый «тройственной союз»: Птолемей VIII, Клеопатра II и Клеопатра III стали номинальными соправителями. Однако это соглашение не устранило противоречий и династия серьезно ослабла.
Династический кризис второй четверти II века до н.э. стал переломным моментом в истории Птолемеевского Египта. Междоусобица между Птолемеем VIII, Клеопатрой II и Клеопатрой III не только опустошила страну экономически и демографически, но и создала прецедент, когда римское вмешательство стало восприниматься как инструмент решения внутренних проблем.