Сразу после прихода к власти большевики начали гонения на церковь. В 1918 году один за другим издавались декреты и постановления, ограничивающие и притесняющие священников и верующих. Причем эта политика касалось всех конфессий.
23 января 1918 года церковь отделили от государства и школы, а её имущество было национализировано. 16 февраля того же года от церкви отделили армию. В результате чего закрыли военные храмы, а институт армейского и флотского духовенства ликвидировали. 7 августа было опубликовано постановление о закрытии домовых церквей и часовен при учебных, воспитательных и государственных учреждениях.
Всё это, конечно, касалось и Кронштадта. В начале 1919 года Кронштадтский совет потребовал, чтобы городские храмы предоставили финансовые отчеты, описи имущества и списки прихожан. При каждом храме создавался Приходской совет, состоящий из двадцати совершеннолетних верующих, так называемая "двадцатка", который брал на себя всю ответственность за церковное имущество и именно с ним органы власти заключали договоры о передачи храмов в бесплатное и бессрочное пользование. Впрочем "бессрочность" оказалось довольно короткой и закончилась через десять лет.
14 октября 1929 года первым из приходских храмов города был закрыт Морской собор во имя Святителя Николая Чудотоворца. Леноблисполком принял решение передать здание под культурно просветительские цели. Имущество храма (около 2 тысяч предметов) на сумму почти в 40 тысяч рублей передали в ведение Госфонда, а изделия из золота и серебра в Северо-западную контору Госбанка. Вечером 14 февраля 1930 года колокола Морского собора (кроме одного, оставленного для нужд оповещения населения) были сброшены со звонниц и переданы кронштадтскому отделению Рудметаллторга вместе с металлической утварью для переплавки. Точной информации о дате снятия крестов нет, но, по всей видимости, произошло это примерно в то же время.
Летом 1930 года началось разорение внутреннего убранства собора - разбирался резной мраморный иконостас, который Главнаука признала не имеющим художественной ценности, закрашивались и заштукатуривались росписи, снималась позолота, демонтировались памятные мраморные доски. Кроме того, требовалось устроить фойе, расставить стулья, установить экран, исправить отопление и освещение. Работы продолжались два года и в 1932 году в бывший храм переехал кинотеатр "Нью-Стар", получивший к 15-летию Октябрьской революции новое название: "Имени Максима Горького". Правда среди кронштадтцев этот киногигант (его зал вмещал 1700 человек) был больше известен под уменьшительным именем "Максимка".