Несмотря на то, что у большинства национальных ассоциаций нынешний президент пользуется поддержкой, его противники указывают на то, что за время пребывания словенца на его посту организация столкнулась с рядом кризисов: пандемией коронавируса, объявлением о создании Суперлиги, попытками ФИФА проводить чемпионат мира раз в два года, конфликтом России и Украины.
Как пишет The Independent, критики утверждают, что избежать формирования Суперлиги Европы удалось лишь благодаря протестам английских фанатов, а дело в Европейском суде и вовсе было проиграно. Еще одним крупным поражением УЕФА называется отмена отстранения «Манчестер Сити» от еврокубков в 2020 году из-за нарушения правил финансового фэйр-плей после решения Спортивного арбитражного суда (CAS).
Также противники Чеферина напоминают о ставших неудачными попытках сотрудничества с Китаем и возвращения российских юношеских команд в международные соревнования.