Футбольная команда «Амкар» основана в ОАО «Минеральные удобрения» в 1993 году. Днем рождения нового спортивного коллектива Прикамья можно считать 8 мая 1993 года. Именно в этот день футбольная команда впервые вышла на поле, чтобы попробовать свои силы в розыгрыше Кубка города Перми.
Большое участие в организации и становлении футбольного клуба «Амкар» осенью 1994 г. приняли генеральный директор ОАО «Минеральные удобрения» В. М. Чупраков и коммерческий директор предприятия Г. М. Шилов. Главной задачей пермского футбольного клуба стало создание команды, способной на высоком профессиональном уровне достойно представить наш город и область в чемпионате России по футболу.
Название новому коллективу придумал заводской физорг, у которого родилась мысль отобразить в одном слове два основных вида продукции «Минеральных удобрений»: аммиак и карбамид. Так, на футболках впервые появилась загадочная для многих надпись: «Амкар».
Тогда ещё никто не предполагал, что идея собственного футбольного клуба, созданного по большей части для поддержки спортивного духа, перерастёт в грандиозный региональный проект, нашедший тысячи почитателей не только в Пермском крае, но и далеко за его пределами. И если дебютный сезон для амкаровцев был полностью посвящён «пробе пера», то в дальнейшем команда неизменно делала по шагу вперёд, с каждым годом покоряя всё новые вершины.
Уже в следующем сезоне коллектив заявился практически во все прикамские соревнования, проводившиеся на любительском уровне. И с ходу их выиграл, став чемпионом города Перми и Пермской тогда области, а также завладев областным Кубком. Играющим тренером команды был известный в местных футбольных кругах Виктор Засульский, а среди его подопечных значились не только лучшие городские футболисты-любители, но и люди, поигравшие за «мастеров» – например, Вячеслав Оглезнев, или только-только завершивший карьеру Михаил Шестаков.
6 декабря 1994 года амкаровцы прошли официальную регистрацию и приступили к оформлению заявки на первенство отечественной Четвертой лиги, или, более привычно, турнира Коллективов Физической Культуры. Однако для организации полноценного турнира в Уральской зоне в 1995 году попросту не хватило команд, и «Амкару» предложили вакантное место в Третьей лиге чемпионата страны.
В Первом дивизионе, команда выступала достаточно успешно, занимая в итоговой таблице место не ниже шестого. В сезоне 2001/02 клуб, дойдя до полуфинала Кубка России, уступил московскому ЦСКА. В 2003 году за два тура до завершения «Амкар» шёл четвёртым, уступая балл краснодарской «Кубани» и проигрывая томской «Томи» и «Тереку» по общему количеству побед. По всем раскладам, лишними в споре квартета были амкаровцы и «Терек», однако сенсационная ничья «Томи» с «Балтикой» сделала фаворитом этой гонки красно-черных. В заключительном туре «Кубань» и «Терек» играли друг с другом. Для выхода в высший дивизион «Амкару» оставалось лишь переиграть дома «Факел», что и было сделано.
Перед первым сезоном в премьер-лиге «Амкар» пополнился будущими крепкими игроками. В сезоне 2004/05 «Амкар» повторил свой успех в розыгрыше Кубка России, дойдя до полуфинала, в котором уступил по сумме двух встреч подмосковным «Химкам». В 2005 сезоне было много памятных матчей, домашняя победа над «Зенитом» (1:0), крупная победа в игре с «Динамо» (4:1) а также поражение от «Локомотива» (3:4), и другие встречи. После того, как в середине 2006 года вместо ушедшего в отставку Сергея Оборина команду возглавил Рашид Рахимов, «Амкар» стал показывать весьма качественный футбол; на отрезке чемпионата с 19-го по 30-й тур «Амкар» стал 4-м в лиге по набранным очкам.
В 2007 году клуб сделал два ключевых приобретения, Георги Пеев перешёл из «Динамо» и Никола Дринчич из турецкого «Газиантепспора», игроки стали лидерами команды, и в сезоне команда выступала достаточно уверенно. В розыгрыше Кубка России 2007/08 «Амкар» добился наилучшего в своей истории результата. Перед уходом на перерыв к Евро-2008 «Амкар» находился на 3-м месте в турнирной таблице, уступая лишь 1 очко идущему вторым московскому «Спартаку» и 6 очков лидирующему «Рубину». После перерыва команду покинули одни из лидеров команды Владимир Габулов, а также капитан и воспитанник пермского футбола Алексей Попов, перешедшие в «Динамо» Москва и «Рубин». 16 ноября, обыграв в Томске «Томь», пермяки за тур до завершения соревнований забронировали за собой четвёртую строчку и путёвку в плей-офф отборочного этапа Лиги Европы. Кроме того, «Амкар» вновь сыграл больше всех «сухих» матчей в Премьер-лиге — 17. Сезон 2008 года стал лучшим в истории «Амкара».
Перед началом сезона 2015/16, «Амкар» покинуло несколько ключевых футболистов — ветеран клуба Захари Сираков, Александр Коломейцев, Мартин Якубко. Команда пополнилась в том числе нападающим Александром Салугиным, Николаем Зайцевым и Георгием Джикией. И Джикия, и Зайцев стали крепкими игроками основы, наряду с одним из открытий сезона, 21-летним вратарём Александром Селиховым, ставшим основным голкипером «Амкара» после уверенного дебютного матча с «Ростовом» (1:0). Сам же сезон завершился для «Амкара» 11-м местом и полуфиналом Кубка страны с «Зенитом».
2 марта 2018 года, после поражения в четвертьфинале Кубка России от курского «Авангарда», клуб покинул Гаджи Гаджиев. Временно исполняющим обязанности главного тренера назначен помощник Гаджиева Вадим Евсеев. По итогам сезона 2017-2018 года «Амкар» занял 13 место и вынужден был играть переходные матчи с футбольным клубом «Тамбов» за право в следующем сезоне выступать в Премьер-лиге. Победив в обоих матчах, команда сумела сохранить за собой место в РФПЛ на следующий сезон. 13 июня 2018 года состоялось заседание Российского футбольного союза, на котором лицензия РФС на сезон-2018/19 у «Амкара» была отозвана «в связи с недостаточными финансовыми гарантиями и наличием существенных просроченных задолженностей». Таким образом, в сезоне 2018/19 года «Амкар» не получил права играть в Премьер-лиге. 18 июня 2018 года президент клуба Геннадий Шилов заявил о прекращении существования команды.
10 июля 2018 года состоялось совместное заседание правления и учредителей клуба, на котором было принято решение о ликвидации общественной организации «Футбольный клуб «Амкар»» как юридического лица и формировании ликвидационной комиссии. 6 ноября 2018 года Арбитражный суд Пермского края удовлетворил заявление бывшего президента «Амкара» Геннадия Шилова о признании клуба банкротом. С 1 ноября 2019 года по май 2020 проходила продажа имущества бывшего клуба, вызвавшая споры у властей Перми.
В 2018 году «Амкар» стал первым победителем «Футбольной небесной лиги» — виртуального онлайн-турнира среди расформированных российских клубов. 31 мая 2020 болельщики клуба получили награду данного турнира в виде кубка.
14 июля 2020 года Пермская власть в лице Государственного краевого бюджетного учреждения «Центр спортивной подготовки Пермского края» получила исключительные права на товарный знак футбольного клуба «Амкар». 25 июля Дмитрий Махонин выразил желание возродить команду «Амкар» на профессиональном уровне независимо от пермской «Звезды». 6 августа 2020 года в манеже «Пермь Великая» состоялась церемония передачи бренда «Амкара» молодёжной футбольной команде Академии игровых видов спорта.
2 апреля 2021 года футбольный клуб «Амкар» был зарегистрирован в качестве автономной некоммерческой организации, президентом клуба стал Валерий Чупраков, ранее уже занимавший этот пост. 20 мая стало известно, что «Амкар-Пермь» прошёл лицензирование и был принят в состав ПФЛ для участия в Первенстве сезона 2021/22.
