После присоединения Новгородской республики к Московскому великому княжеству в 1478 году, сторонники независимости были казнены, а несколько тысяч новгородских семей были перевезены в другие области страны. В том числе они оказались и в столице. И в наши дни вот эта церковь – все, что осталось от некогда существовавшего на Лубянке поселения выходцев из Великого Новгорода. Переселенцы хотели на новом месте создать своеобразное напоминание о родном городе. Вот и улицу назвали в честь исторического района своего города – Лубяниц. А ещё построили деревянную церковь в честь святой Софии, как напоминание о знаменитом Софийском соборе. Произошло это в 1480 году. Потом здание церкви несколько раз обновляли и перестраивали, а в 1685 году оно дотла сгорело в сильном пожаре. Тогда в 1691 году начали возводить каменный храм. Строительство велось на пожертвование Моисея Григорьевича Овцына. Он был комнатным стольником царицы Прасковьи Федоровны (Стольники - это придворные чиновники, прислуживавшие при царском столе. Назначали на эту должность обычно дворян или стрелецких полковников. А «комнатный» прибавлялось к разным тогдашним чинам для обозначения особой милости и доверенности государя). Завершилось строительство каменного храма в 1692 году. До наших дней дошла основная его часть. Но к церкви ещё пристроили со временем трапезную и колокольню. А ещё она изначально была пятиглавой, но во второй половине 18 века появился купол с одной главой.
В период гонений на православие в 20 веке древний Софийский храм в центре столицы постигла участь многих христианских церквей: его закрыли и частично разрушили. Территорию церковного двора полностью застроили новыми корпусами здания КГБ, а в том, что осталось от храма, разместилась Экспериментальная фабрика спортивных изделий общества «Динамо». И вот что интересно: историческое окружение храма к 1980-м годам было полностью снесено (а корпуса литейного завода, изготавливающего колокола и пушки, разобрали ещё в 19 веке), но здание церкви каким-то чудом сохранилось! В 2001 году сотрудники ФСБ решили создать свою православную общину, а руководство службы поддержало эту их инициативу. Тогда началось восстановление Софийского храма. Богослужения в нем были возобновлены, а храм получил статус приходской церкви при ФСБ.
