29 мая 1606 года Государем, Царем и Великим Князем всея Руси стал Василий IV Шуйский. Причем власть его была также не легитимной как и у Бориса Годунова.
В 1591 году Василий Шуйский возглавлял следствие по делу о смерти царевича Дмитрия. В этом ему поручил разобраться царь Фёдор Иоаннович. Шуйский установил непричастность к смерти царевича самого Бориса Годунова. На того указывала мать погибшего - Мария Нагая.
После во царствования, Шуйский начал утверждать обратное - ребенка убили. Инокиня Марфа (мать Дмитрия - Мария Нагая) подтвердила. Таким образом, надеялся обрести популярность среди народа как правдолюб.
Но народ, и главное армия не верили ему. Многие служивые не хотели присягать новому царю. Тем более, многие считали, что царевич Дмитрий жив.
Василий Шуйский сместил патриарха Игнатия, которого поставил Лжедмитрий I вместо Иова. На место Игнатия назначили Гермогена.
Южная Россия (южнее Коломны, Серпухова и Каширы) фактически откололась от нового царя. Народ здесь был пограничный, воевавший с черкасами, поляками и татарами в Диком поле.
Причиной этого стало то, что Борис Годунов хотел укоротить права местного свободного населения - в том числе донских казаков. Им было запрещено поставлять оружие и снаряжение, а также самим казакам появляться в русских городах.
Для укрепления своего влияния по приказу Бориса Годунова на южных землях построили крепость Царев-Борисов.
В таких условиях началось восстание Ивана Болотникова.
Восстание Болотникова было одним из крупных крестьянских восстаний в России XVI века.
Возвращаясь из турецкого плена через Европу, Болотников в Самборе, в замке Юрия Мнишека, встретил загадочного человека, выдававшего себя за "царя Дмитрия Ивановича". Этот самозванец, скорее всего, был авантюристом Михаилом Молчановым, бывшим сподвижником Лжедмитрия I, бежавшим из Москвы. Молчанов, пользуясь царской печатью, украденной в Москве, рассылал "царские грамоты", извещая о скором возвращении царя Дмитрия.
Болотников был назначен в Самборе "большим воеводой" и направлен в Путивль к князю Григорию Шаховскому, который начал поднимать Северскую землю против Шуйского. Постепенно движение охватило все больше городов и крепостей юго-западной России.
Помимо Болотникова, восстание поддержал и бывший хозяин Болотникова Андрей Телятевский, воевода Чернигова. Его сочувствие восстанию усилило его поддержку и придало ему элемент легитимности.
Причиной недовольства и восстания стали не только слухи о возвращении царя, но и реальные социально-политические обстоятельства. Тяжелое положение крестьян, произвол помещиков и бояр, а также недовольство дворян усиливали недовольство и способствовали развитию восстания.
Среди присоединившихся к Болотникову были не только крестьяне и холопы, но и казаки, дворяне и даже представители городского населения. Армия Болотникова росла и крепла, представляя серьезную угрозу власти Шуйского.
Восстание начиналось успешно - рать Болотникова разбила царские войска под Кромами и Ельцом в августе 1606 года. После этого начался поход на Москву. 28 октября 1606 года болотниковцы осадили саму Москву.
По пути к столице повстанцы нещадно грабили города. В особенности большому разору подверглась Коломна, которая сама открыла ворота болотниковцам. Это и стало причиной того, что москвичи решили драться до последнего.
Не нравились грабежи своих и многим повстанцам. Тульские и рязанские рати Пашкова и Ляпунова бывшие под рукой Болотникова перешли на сторону Шуйского.
После поражения в бою под столицей Болотникову пришлось отступить к Калуге. Потом к Туле, где их осадили царские войска.
А в мае 1607 года в Стародубе появился самозванец Лжедмитрий II.
Самозванец собрал много польской шляхты. Вместе с ней пошел к осаждённой Туле. Пришлось царским войскам активизироваться. Перегородили реку Упу дамбой, что вызвало подтопление Тулы. Болотников в октябре 1607 года сдался. Повстанцев кроме руководства простили. Болотникова сослали в Каргополь, где ослепили и утопили.