Сам Иисус никогда себя богом не называл. Это ему приписали последователи. В раннем христианстве был такой период, когда главными богословами в нём были греки, хорошо знакомые с новозаветными идеями, но практически не знавшие иудаизма, в среде которого зародилось учение Иисуса. Этим грекам была чужда концепция монотеизма, и они быстро решили, что Иисус - это бог, не видя никаких противоречий в этом. Эти греки были, в основном, неоплатониками, которые считали, что существует главный бог - Единый, эманации которого порождают остальных богов. Греческие богословы отождествили Бога Отца с Единым. В рамках этой идеи нет ничего странного в том, что Иисус был богом, но при этом молился Отцу, который тоже бог, но покруче. Потом христиане стали возвращаться к иудейским корням. И тут обнаружилось противоречие: все уже привыкли считать Иисуса богом, этот фарш нельзя было провернуть назад, но ведь бог только один! Там был целый зоопарк идей, как это противоречие снять, и в итоге победила идея о едином боге с разными ипостасями. Победила, кстати, благодаря политическим интригам - её сторонники, хоть и были в меньшинстве (по некоторым оценкам их было не больше 10% от всех христиан), но в нужный момент ближе всех оказались к уху императора Константина, который ради получения поддержки христиан отменил существовавший ранее запрет христианства. Константин вообще был язычником (крещение он принял только незадолго до смерти), и ему эти тонкости были глубоко фиолетовы, но зато он с политической точки зрения очень не хотел, чтобы у христиан были внутренние распри, ему было нужно, чтобы у христиан было единоначалие, чтобы это начальство поддерживало Константина и агитировало свою паству делать то же самое. Поэтому он задействовал государственный аппарат для репрессий противников идеи ипостасей - так она и победила. Сам Константин, кстати, был настолько равнодушен к этому вопросу, что принял крещение от первого попавшегося священника, который оказался арианином, т.е. представителем того направления, которое не признавало учение об ипостасях. Так что формально Константин должен был быть признан еретиком, а не святым, но проявлять принципиальность и ссориться с императорами из-за этого церковь, конечно же, не стала. После этого всякие вопросы, подобные вашему, победители стали как-то объяснять в рамках своей концепции, в основном, методом натягивания совы на глобус. Так что единственный правильный ответ на ваш вопрос - Иисус молился тому, кого сам считал единственным богом, а о том, что он и сам бог, реальный Иисус (если он вообще существовал, а не является собирательным образом) даже не подозревал.