О вероятных причинах и участниках убийства самого младшего сына Ивана Грозного уже несколько столетий разгораются нешуточные споры. А воз и ныне там.
Дмитрий был рожден седьмой женой Ивана Грозного - Марией Нагой. Русская церковь этот брак не признала законным. Потому что, согласно церковным канонам, в то время царь мог жениться не более 3-х раз. Если же он и после смерти 3-й жены оставался вдовцом, то ему следовало жить до конца своих дней в одиночестве.
Мария Нагая, по сути, была его наложницей. Если бы Димитрий остался жив, то его бы признали царем только в исключительном случае. То есть его восхождение на трон было проблематичным. Рюриковичей тогда как раз было в достатке. Из всего этого можно сделать вывод о том, что Борису не было никакого резона убивать Димитрия, как наследника трона Рюриковичей.
Борис в то время был фактическим правителем России. И Романовы это знали. Поэтому как раз Романовым и было выгодно скомпрометировать Годунова, как детоубийцу в глазах царя Федора Ивановича, чтобы самим захватить влияние возле русского трона.