Глядя на современную площадь Победы, можно лишь с большим трудом представить, что на месте нынешнего подземного перехода когда-то находился один из основных въездов в город, представлявший из себя сначала четырёхъярусную башню крепостной стены с набатным колоколом, а затем надвратную церковь.
Молоховская башня крепостной стены, предположительно, получила своё название от направления пути в Молохвинскую (Молоховскую) волость, в которой находились реки Молохва, Молоховка и Молофа (сегодня это территории на границе России и Беларуси в Краснинском и Мстиславском районах). Башня была взорвана в ноябре 1812 года отступавшими французскими войсками, так город лишился одной из самых интересных и необычных башен крепостной стены.
После 1812 года Смоленск переживал не самые лучшие времена, от послевоенной разрухи город начал оправляться лишь к 30-м годам XIX века. Одним из главных символов преображения Смоленска стал сад Блонье, разбитый по ходатайству губернатора Хмельницкого. Ещё одним «проектом», украсившим город, стали новые Молоховские ворота.
4 сентября 1832 года в Смоленск с высочайшим визитом прибыл Николай I. После панихиды в Успенском соборе император даровал 10 000 рублей на «поправку иконостаса» главного городского храма. Осмотрев весь город, он остался весьма доволен увиденным. Жители Смоленска в свою очередь обратились к Николаю I, находившемуся в прекрасном расположении духа, с просьбой о строительстве на месте бывших Молоховских ворот церкви во имя Николая Чудотворца в знак признательности государю за «отеческое попечение о восстановлении утраченного в Отечественную войну городского благосостояния». В ответ на просьбу смолян монарх велел построить новую церковь таким образом, чтобы она своим видом, размерами и расположением максимально соответствовала утраченной башни крепостной стены. Позже им был утверждён план фасада четырёхгранной церкви с зубцами, похожими на те, что находились на пряслах крепостной стены.
Николай I пожертвовал на строительство церкви 7 000 рублей, а также разрешил использовать камень, оставшийся от разрушенной стены и находившегося рядом караульного помещения, для строительства средства пожертвовали и многие жители города. 25 июля 1840 года в день рождения императора церковь была освящена. С одобрения священного синода новый храм был причислен к Авраамиевскому монастырю. Примечательно, что церковь была освящена в честь иконы Благовещения Пресвятой Богородицы, которая стояла над воротами старой башни и после взрыва была найдена невредимой в куче мусора.
Высота храма составляла 19 с половиной саженей, а на её стене была прикреплена памятная доска с надписью «Николаю I отъ вѣрныхъ жителей города Смоленска, въ знакъ вѣчной признательности за оказанныя монаршія щедроты 16 апрѣля 1841 года».
Позже храм был передан в ведение военного ведомства и стал церковью Софийского полка, расквартированного в Смоленске и отличившегося во время Смоленского сражения 1812 года. После запуска в 1901 году городской железной дороги (трамвая), одна из веток которого проходила по Большой Благовещенской улице (ныне – Большая Советская), в стене рядом с церковью была устроена арка для проезда вагонов. Через сами ворота трамвай в дореволюционный период не ходил. В 1915 году на первом этаже Молоховских ворот разместился склад экспонатов исторического музея, сюда они были перенесены из здания Городской думы (где музей находился с 1888 года), так как во время Первой Мировой войны Смоленску угрожала эвакуация.
После революции богослужения в церкви прекратились, с купола был демонтирован крест, через ворота прошла вторая колея трамвая. В здании ворот разместился архив Комиссии по истории Октябрьской революции и РКП(б), а в 1929 году был открыт антирелигиозный музей, который уже в 1930 году переместился в Успенский собор и здания Соборного холма.
В середине 30-х годов во время «строительного бума» в Смоленске было принято решение о полной перепланировке одной из центральных площадей города – Молоховской. На ней было решено построить гостиницу, типографию и кинотеатр. А сами Молоховские ворота подлежали сносу. Существует несколько точек зрения по поводу того, в каком именно году эта башня была взорвана во второй раз. Кто-то говорит про 1937 год, кто-то про 1938. Но, в любом случае, к началу Великой Отечественной войны церковь, построенная в честь восстановления города после Отечественной войны, была варварски уничтожена. Есть в этом какая-то злая ирония судьбы.