В 1979 году во Второй лиге, как и годом ранее, все команды проводили турнир в шести зонах. Победители зональных турниров напрямую выходили в Первую лигу. Из-за ее расширения некоторое время обмен между лигами решили делать большим.
Команд в зонах было много, поэтому через год их количество будет увеличено.
1 зона
В первой зоне в борьбу вступили 24 команды. Лучшими на старте были костромской Спартак и Алтантас из Клайпеды. Спартаковцы в первых шести матчах не пропускали голов в свои ворота, а в чужие в каждой игре забивали. Атлантас тоже пропускал редко, долго не проигрывал, да и ничьи для этой команды не были таким уж частым исходом. Искра и два Динамо, брестское и вологодское, тоже не проигрывали, но ничьими все же частили.
В середине мая костромичи проиграли сразу три матча подряд и из группы лидеров вышли.
Первое поражение Атлантас потерпел 31 мая. Уже на следующий день с ним по очкам сравнялась Искра.
Через неделю Искра уже лидировала единолично, а за ней пристроилась рижская Даугава.
Но в 14-м туре Атлантас переиграл дома Даугаву, а смоленская команда уступила в Брянске. Вновь лидеров стало двое, а еще три команды стояли в этот момент в шаге от них.
Во второй половине июня вперед снова вышла Искра. В последний день июня о себе напомнили костромичи, им удалось по очкам сравняться со смоленской командой, правда, сыгран на матч больше у них был.
В первой половине июля в лидеры выбивались поочередно Искра и Даугава. Но в самом конце первого круга всех опередил Спартак.
Второй круг костромская команда начала отвратительно, потерпев пять поражений кряду. Лидером гонки сразу же стала Искра, которая только два раза сыграла вничью, выиграв все остальные матчи в июле, августе и сентябре.
24 сентября Искра сыграла вничью в Риге, лишний раз подтвердив обоснованность своих притязаний на первое место по итогам турнира.
2 октября в Клайпеде местный Атлантас смог прервать очень длинную беспроигрышную серию Искры, которая включила в себя 14 побед и 2 ничьи.
Но за 6 туров до финиша отрыв в 10 очков от преследователей ничего страшного для Искры уже не предвещал. Сыграв следующие два матча дома (7 и 11 октября) вничью смоляне, тем не менее, оформили свою победу в зональном турнире и заработали повышение в классе.
2 зона
24 команды соревновались между собой и во второй зоне.
Шесть побед в первых шести матчах одержал никопольский Колос. Кривбасс к концу апреля догнал Колос, а Буковина и Судостроитель оказались очень близко.
В мае команды сыграли всего лишь четыре тура. Ситуация в верхней части таблицы не изменилась практически.
В середине июня лидера смог догнать житомирский Спартак. Затем команды снова ушли на двухнедельную паузу, как в первой половине мая.
После двух туров, проведенных в самом конце июня, впереди были Спартак, львовский СКА и Кривбасс. Уже за ними расположились никопольская и черновицкая дружины.
За весь июль команды провели 5 туров. К концу первого круга впереди были Колос и Буковина, а так же киевский СКА. Рядом еще несколько команд расположились. Вся борьба только разворачивалась.
Во второй половине августа чуть притормозила Буковина. Вместо нее в лидирующей группе оказался Авангард из Ровно.
В начале сентября оспаривать путевку в первую лигу, кроме киевского, принялся еще один армейский клуб, который базировался во Львове.
Именно Колос и два армейских коллектива в середине второго круга были самыми основными претендентами на победу во второй зоне.
Во второй половине сентября и начале октября тройка лидеров дружно набирала очки, хотя иногда и у них бес потерь не обходилось.
В середине октября львовяне все же отстали от конкурентов. Но в последнем октябрьском туре киевский СКА и Колос уступили в своих матчах и позволили команде из Львова приблизиться к ним, хоть и не догнать.
В первой половине ноября были сыграны заключительные четыре тура.
Львовяне сразу проиграли в первых двух из них и шансов на победу в зоне не получили.
Никопольский Колос и киевский СКА в последних двух турах выявляли победителя зонального турнира. Колос имел на очко больше перед этим решающим «мгновением».
10 ноября Колос дома победил Судостроитель, а киевляне, также дома, уступили Днепру из Черкасс. Матчи последнего тура значения уже не имели.
Колос из Никополя стал обладателем путевки в Первую лигу.
3 зона
В третьей зоне победитель определялся среди 25 команд. Это делало турнир очень громоздким. Командам предстояло провести по 48 матчей в 54 турах, запланированных в календаре чемпионата. География команд была достаточна обширна, для многих непривычна.
К концу апреля лидерами были липецкий Металлург и Волга из Горького. Волга выиграла все свои 5 матчей, липчане в шести потерпели однажды поражение.
В начале мая на некоторое время в самом верху таблицы оказались махачкалинские динамовцы. Но во второй половине мая их сместили с «трона».
Снова вперед вышла Волга, чуть позади были Металлург и динамовцы Ставрополя.
В первой половине июня Волга и ставропольское Динамо продолжили лидировать. Рядом теперь оказались волгоградский Ротор и саратовский Сокол.
В конце июня команда из Ставрополя вышла вперед.
В первой декаде июля лидировал уже Ротор, но все же в последних турах волгоградцы сбавили темп и позволили динамовцам Ставрополя снова выйти вперед.
8 августа в матче на своем поле Ротор забил 12 мячей в ворота курского Авангарда, пропустив один в свои.
Весь август продолжалась погоня за лидером, но ничего из этого не вышло у догонявших. Имея на 1-2 сыгранных матча больше, они не смогли даже сравняться с Динамо. Уже к середине сентября сложно было найти сомневающихся в победе ставропольской команды в турнире.
12 победами в 13 матчах в середине второго круга динамовцы совершенно убили интригу задолго до завершения турнира.
В 50-м туре дома ставропольцы 17 октября победили владимирское Торпедо и стали недосягаемы для других команд в чемпионате.
4 ноября в перенесенном матче первого круга, состоявшемся уже после завершения всех матчей второго, динамовцы разгромили Ростсельмаш со счетом 6:2, немного поквитавшись за поражение недельной давности в Ростове-на-Дону, которым комбайностроители прервали длинную беспроигрышную серию динамовцев.
