Чешско-Пфальцский этап (1618-1624). В 1618 г. происходит восстание в Чехии. Протестантские жители Праги не признали нового короля католика Фердинанда Штирийского и выбросили его чиновников из окна (дефенестрация).
Чехи призвали на помощь лидера Евангелистической унии (союз протестантских германских княжеств) Фридриха Пфальцского, т.к. Католическая лига во главе с Максимилианом Баварским была призвана для подавления бунта.
В 1620 г. в битве у Белой горы под Прагой войска католиков под руководством Иоганна фон Тилли разгромили протестантов, разорили Прагу и вернули Чехию в лоно католической церкви.
Датский этап (1625-1629). В 1625г. испанский полководец Амброзио Спинола взял крепость Бреда в Нидерландах. В 1625г. Главкомом имперских войск Фердинанда II стал Альбрехт Валленштейн, который предложил выплачивать жалование войскам за счет грабежа местного населения. Через год в битве у деревни Люттер фон Тилли разбивает войска датского короля Кристиана IV. Протестантские силы деморализованы и разобщены. Император в 1629г. подписывает «Акт о реституции» - возврат конфискованных с 1552 г. католических земель их владельцам/наследникам, что было серьезной ошибкой, т.к. затрагивало интересы огромного количества собственников, что привело к росту недовольства Габсбургами и продолжению войны.
Шведский этап (1630-1635). Хорошо обученная шведская армия применяла передовую тактику ведения боя и состояла из свободных крестьян, имевших высокий моральный дух. Талантливый полководец шведский король Густав II Адольф (1611-1632) громит войска императора в битвах при Брейтенфельде (1631г.) и Лютцене (1632г.).
Однако после гибели шведского короля в лагере протестантов опять начался разлад, и имперские войска смогли разгромить шведов в битве под Нёрдлингеном в 1634 г.
Франко-шведский этап (1635-1648). В 1635г. Франция вступила в войну против Габсбургов, и конфликт потерял четкую религиозную окраску, т.к. французские католики стали сражаться с имперскими католиками. В 1643г. в битве при Рокруа французы одержали верх над испанскими войсками императора. Силы Габсбургов были сломлены, но и антиимперские силы также были истощены. Всем стало ясно, что нужно садиться за стол переговоров.
В итоге был заключен Вестфальский мир 1648 г., по которому: Швеция получила немецкие земли на Балтике и стала контролировать морскую торговлю; Франция захватила Эльзац, получила Лотарингию и стала самой могучей страной Европы; произошло признание независимости Республики Соединенных провинций (Голландия) и Швейцарского Союза; усилились немецкие княжества Бранденбург и Бавария.
Тридцатилетняя война принесла чудовищное разорение немецким, австрийским, чешским землям; привела к серьезному сокращению населения Центральной Европы, произошло резкое падение экономики в этих странах. Война положила конец эпохе религиозных войн в Европе. Была сформирована новая система международных отношений - Вестфальская система.