Императорское извещение было послано всем митрополитам и приглашало их явиться на Собор. Открытие собора было назначено на июль 431 года в городе Ефессе. К 22 июню съехались почти все епископы, ожидали не прибывших антиохийцев. Встал вопрос, открывать ли Собор и 150 епископов с 16 митрополитами высказались за открытие, а 68 епископов с 21 митрополитом – против. Препятствием к открытию Собора было не только опоздание антиохийцев, но еще более опоздание папских легатов.
Несторий был искренне убежден, что раз созван Вселенский Собор, то, конечно, постановления римского и александрийского соборов не имеют решающей силы, и рассмотрение всего начнется снова. Святитель Кирилл Александрийский решил начать Собор большинством. Он хотел соборным большинством одобрить и провозгласить 12 анафематизмов.
Собор открыл свои заседания. Еще накануне было послано приглашение на это собрание Несторию, на что он устно ответил: «Подумаю, и если нужно то явлюсь». Второе приглашение было послано письменно, на которое он ответил, что явится, когда прибудут и все другие епископы. Третье формальное приглашение не было вручено Несторию так как стража не впустила в дом посланников от собора.
Собор, утверждая свою полную законность, преступил церемониально к проведению своих деяний и, стало быть, к заочному суду над подсудимым. В начале было прочитано Никейское исповедание веры. Далее было прочитано письмо святителя Кирилла к Несторию и ответ на него Нестория. Письмо Кирилла Александрийского признано православным, а ответ Нестория – неправославным. Затем прочитано было письмо Целестина к Кириллу епископу Александрии с поручением ему объявить десятидневный ультиматум Несторию. После этого так же без обсуждения, прочитывается и принимается послание святителя Кирилла с 12 анафематизмами. И, наконец, прочитываются некоторые выдержки из проповедей Нестория.
Все выражения Нестория признаны еретическими, и все суждения этого длинного заседания, тянувшегося целый день, свелись к произнесению осуждающего приговора Несторию в такой форме: «Устами святого собора сам Господь Иисус Христос, Которого хулил Несторий, лишает его епископского и священнического достоинства».
Несторий, с оставшимися на его стороне 15 митрополитами, не примирился с решением Собора. Он послал императору протест с требованием собрать законный Собор, на котором с каждым митрополитом будет не более двух епископов.
Лишь через четыре дня, 26 июня прибыли антиохийские епископы. Им сразу же объявили, что Собор уже состоялся, что Несторий уже осужден и общени е с ним под церковным запретом. Вывод из этого осведомления не мог быть добрым и светлым. На удар Кирилла антиохийцы ответили разрывом отношений с ним. Возможность соборного решения вопроса была упущена. Группа, оставшаяся с Несторием, вместе с группой Иоанна Антиохийского, составила всего 35 епископов. Они сами организовали собор, на который стали вызывать святителя Кирилла. Прямо объявили Кирилла Александрийского и его сторонников низложенными, если они не откажутся от 12 анафематизмов.
В это время приехали и римские легаты. Им дана была инструкция быть солидарными с Кириллом. Немедленно 10 и 11 июля Кирилл созвал второе и третье заседание собора. На нем легаты прочитали послание папы Целестина, выслушали протокол заседания 22 июня, одобрили его и подписали.
На четвертое и пятое заседание 16 и 17 июля было послано приглашение епископу Иоанну с его 35 епископами. Те не откликнулись. Вероятно, что именно римские легаты удержали Собор от крайностей, потому что низложение Иоанна Антиохийскогос 35 епископами не последовало. После Собор решил текущие вопросы.
Тем временем около императора в дворцовой среде шла борьба мнений и влияний. Во дворце пришли к выводу, что императорская власть видит в Ефессе не два, а один Собор. Одному собору и был адресован императорский указ, в котором признавались низложения Нестория и Кирилла. Никто с этим не захотел соглашаться, опять начались дворцовые ходатайства за Нестория и святителя Кирилла.
Император вызвал представителей той и другой стороны из Эфеса и Холкидона. Несторий и антиохийцы проявили тут свое великодушие и уступчивость. Они заявили, что безоговорочно принимают имя Богородица. Несторий по свойственной ему не дипломатичности прибавил, что если нужно спасать православие, то он готов снова вернуться в свой антиохийский монастырь.
Несторий получил позволение вернуться в свой монастырь в Антиохию. В нем он провел четыре года. Потом был переведен по указу Феодосия в ливийский город Оазис. Но он не оставлял своего богохульства. Иоанн Антиохийский известил об этом царя, в следствие чего Несторий осужден был в вечное заточение. Также Император посчитал нужным, для ослабления и уничтожения ереси Нестория подвергнуть конфискации и истреблению все его сочинения.
Третий Вселенский Собор нашел «среднюю линию» между святителем Кириллом и Несторием. Были осуждены те мнения, которые ведут к двойственности ипостасей во Христе (было исповедано единство Сына), а также бал сделан особый упор на почитание Девы Марии как Богородицы (потому что от Нее родился Сам Бог во плоти).
«Так разрешились к торжеству Православия Бурные прения, поднятые Несторием, и взволновавшие весь христианский мир».
