TNT и PAUP подходят для парсимониального анализа, есть у них свои выгодные особенности. Например, и там, и там, в отличие от NONA (Winclada) можно посчитать branch-and-bound. Кроме того, в TNT используются алгоритмы, которые позволяют проводить анализ быстро, также там можно посчитать поддержки Бремера. Однако с признаками гораздо удобнее работать в Winclada, также в Mesquite есть возможности работы с признаками и деревьям, о которых тоже стоит знать.
Давайте посмотрим, как можно конвертировать полученное дерево из TNT и PAUP в Mesquite, а потом в Winclada. Кстати, Mesquite тоже позволяет картировать признаки на дереве, но об этом в следующий раз.
Тут я призываю вас помнить, что файлы с разрешением .tre (где сохраняются деревья) и .nex (где сохраняются матрицы) могут быть записаны в разных форматах, и у каждой программы свой формат по дефолту. Одно и тоже разрешение не гарантирует, что файл будет успешно без всяких дополнительных манипуляций открываться во всех программах в заголовке. И все проблемы конвертации кроются именно в том факте, что у каждой программы свой формат загружаемых и сохраняемых файлов.
Для начала надо сначала сохранить дерево или деревья, которые вы получили.
Удобнее конвертировать в формат Mesquite дерево, если ваша матрица изначально была создана в этой программе.
Начнем с PAUP. Для начала надо провести парсимониальный анализ (Часть 1 и Часть 2) и сохранить дерево с помощью этой программы. Как я уже упомянула ранее, PAUP позволяет сохранять деревья в разных форматах. Давайте посмотрим, в чем разница.
Вот так выглядит часть файла с деревом, который сохраняет PAUP, если выбрать дефолтный формат NEXUS. Как видите, тут каждому таксону соответствует свое число, а два дерева записаны ниже уже с помощью чисел.
Такой формат не подходит для Mesquite. Вернее ,файл то открыть можно будет, но загрузится он некорректно.
Для корректного отображения таксонов и ветвления, надо выбрать формат Nexus (no translation table). Тогда деревья будут записываться непосредственно с помощью названий таксонов.
Вот так выглядит этот файл. Это очень важно для Mesquite, потому что в этой программе для привязки дерева к матрице, надо чтобы названия таксонов в матрице и в деревьях строго соответствовали друг другу.
Затем в Mesquite надо открыть матрицу, тот же самый файл, который вы использовали для анализа в PAUP. Для открытия матрицы надо в основном меню выбрать File и в выпадающем меню Open File, а потом найти нужную матрицу.
После того, как матрица откроется, в основном меню надо выбрать "Taxa & Trees", в выпадающем меню "Import file and trees", и далее "Link Content". Очень важно, чтобы дерево было привязано в филогении.
Далее надо найти тот самый .tre файл, который вы сохранили из PAUP в формате Nexus (no translation table).
Если все прошло нормально, то Mesquite не выдаст ошибок то слева под надписью и иконкой Character Matrix появится надпись и иконка Tree Block.
Если у вас такая картина, то что-то пошло не так. Программа распознала дерево отдельным блоком. Это означает, что количество таксонов или названия не совпадают.
Если нажать на иконку, то откроется меню, где сверху написано, что это за файл и сколько там деревьев, и далее можно выбрать из нескольких опций. В том числе, можно удалить этот блок или сделать дупликат.
Про основы работы с деревьями в Mesquite я напишу чуть позже.