Всего в обители шесть храмов: надвратный — Вознесения Господня, храм святого апостола Андрея Первозванного, храм в честь преподобных отцов афонских, храм во имя мученика Иерона (небесного покровителя настоятеля архимандрита Иерона (Васильева)) и храм в честь иконы Божией Матери «Избавительница».
В центре четырёхугольника, образованного корпусами монастыря, высится построенный в 1888—1900 годах Пантелеимоновский собор. Его венчают пять куполов; высота центрального — 40 метров. Длина собора — 53,3 м, ширина — 33,7 м. Собор построен в неовизантийском стиле, распространенном в русском церковном зодчестве конца XIX — начала XX века. Изнутри стены расписаны в 1911—1914 годах мастерами из села Палех Владимирской губернии и группой московских художников под руководством М. В. Молова и А. В. Серебрякова. Пантелеймоновский собор является крупнейшим культовым сооружением Абхазии.
Под колокольной башней расположена бывшая монастырская трапезная, стены которой, как и в маленьких церквах, расписаны фресками, выполненными известными волжскими мастерами — братьями Оловянниковыми.
