В первой половине XVII века Монголия окончательно лишилась государственной самостоятельности и перешла под управление маньчжурской династии Цин. В это время монголы окончательно отвернулись от своих светских владык, князей и нойонов, продавших свою страну в рабство завоевателям и обратились к тому, что их больше всего связывало между собой - буддизму, первосвященники которого под именем Богдо-Гегенов стали полными владыками Монголии и на этом фоне ярче всего проявил себя первый Богдо-Геген Дзанабадзар, не давший маньчжурам ассимилировать монгол в худший момент их истории.
Будущий первый теократический правитель Монголии родился в 1635 году и принадлежал к знаменитому роду Борджигинов и был сыном Тушету-хана Гомбодоржа. Его старший брат Шолой-Сецен-хан обратил внимание на тихий и спокойный нрав маленького Дзанабадзара и намекнул, что из него мог бы выйти неплохой лама, а дабы увериться в своём мнении, отправил послов за предсказанием к Далай-ламе V, который признал Дзанабадзара перерождением выдающегося просветителя Таранатхи Гунга Ньинбо, который, по преданию, хотел переродиться в Монголии, дабы нести свет знания и веры на Север. В возрасте 5 лет Дзанабадзар был пострижен в монахи и отправлен на учёбу в монастырь Эрдени-Дзу на обучение. В 13 лет он освятил первый свой кочевой монастырь Шарх, а в возрасте 15 лет отбыл в Лхасу, где 7 лет постигал буддийскую мудрость.
Новоиспечённый Богдо-Геген уделял большое внимание развитию религии и культуры, основывая новые монастыри, среди которых и кочевой монастырь Их-Хуре, который в итоге после многочисленных странствий по всей Халхе осел в долине реки Туул, положив начало современной монгольской столице Улан-Батору. Также Дзанабадзар, сам хороший художник и скульптор, которого позже назовут "монгольским Микеланджело", заложил основы монгольской школы скульптуры и живописи, соединившей в себе лучшие традиции монгольской, тибетской и непальской культур, также он разработал письмо соёмбо, до сих пор применяемое монголами в ритуальных целях. Дзанабадзар всеми силами пытался построить в Монголии идеальное буддийское государство, своего рода рай на Земле, но осознав бессмысленность этих своих усилий, в 1654 году он построил монастырь Тувхэн-хийд и ушёл в нём в затвор на 30 лет, но долго быть в изоляции ему не пришлось.
В политике Дзанабадзар твёрдо придерживался позиции о невмешательстве маньчжур во внутренние монгольские дела и всеми силами пытался примирить враждующих монгольских князей. Маньчжуры, желая ослабить влияние Богдо-Гегена I, увеличили число светских князей, которые в итоге поубивали друг друга, а монгольской междоусобицей в итоге воспользовались джунгары, вторгнувшиеся в Халху, круша всё на своём пути. В 1684 году джунгары сожгли монастырь Тувхэн-Хийд, сам Дзанабадзар едва успел уйти и на ближайшем курултае потребовал от князей немедленного прекращения братоубийственной войны и призвал на помощь маньчжурские войска. Уважение к аскету, заслужившему репутацию чудотворца, было настолько велико, что монгольские князья в 1688 году поклялись ему жить в мире и согласии, после чего с междоусобицами, терзавшими Монголию на протяжении без малого 400 лет, было покончено навеки. Последующие годы вернувшийся к власти Дзанабадзар провёл в борьбе за сохранение автономии Монголии, что, естественно, не нравилось маньчжурам и в 1723 году во время визита в Пекин Дзанабадзар скоропостижно скончался, по одной из версий, будучи отравлен маньчжурами. В современной независимой Монголии Дзанабадзар, несмотря на своё активное сотрудничество с маньчжурскими завоевателями, является знаковой фигурой и почитается не только как буддийский святой и выдающийся деятель монгольской культуры, но и как тот, кто спас Монголию и монгольский народ в один из худших периодов её истории.
