С поверхностью связана вертикальной шахтой. Пещера расположена в Саткинском р-не,Челябинской области на левом берегу р. Ай, не далеко от деревни Старая Пристань , в 300 м от места впадения в реки Ай Винокурного ключа.
Вход в пещеру открывается в крутом лесистом склоне на дне карстового провала. Входное отверстие овальной формы размерами 2x3 м. За ним следует вертикальный колодец.Со дна шахты вниз ведет крутой наклонный спуск в виде каменой лестницы со ступенями из плит известняка (вероятно, искусственного происхождения). Через 7 м наклонный коридор приводит в горизонтальную часть пещеры, представляющую собой систему узких низких проходов и 2 больших гротов. Первый грот — Пещерных затворников — вытянут с севера на юг на 35 м, ширина его от 5 до 9 м, максимальная высота потолка 8 м. Из южной части грота 12-м ход приводит во 2-й, более обширный грот — Музыкальной капели. Он тянется в северно-западном направлении на 25 м, ширина его от 8 до 14 м, высота потолка от 4 до 8 м. В южной стене грота открывается новый ход, который тянется на юго-восток. Через 10 м он разветвляется на 3 тупиковых хода.
Общая длина ходов и гротов пещеры. 130 м, максимальная глубина 28 м, ширина от 1 до 14 м, высота от 0,8 до 8 м. В пещере высокая (до 98-100%) влажность, температура воздуха всегда 4-5 °С.
В пещере Имеются 2 подземных водоема: один из них — небольшое мелкое озеро с чистой ключевой водой; второй появляется только весной в результате попадания в подземную полость талых вод.
На сводах гротов имеются немногочисленные сталактиты. В пещере обитает небольшая колония летучих мышей.
В 1924 г. жители с. Айлино во время экскурсии в пещере обнаружили остатки избушки, деревянный слесарный станок, каменное ложе, различные железные изделия, отпечаток с медной иконы, человеческие скелеты и кости домашних животных. На полу грота Пещерных затворников из несцементированных булыжников был выложен большой каменный крест.
Свое название пещера получила по им. старца Аверкия — отшельника и раскольника, жившего в ней в 1870-1880-х гг.
На основании результатов экологической экспертизы «Синегорье» (1986) решением Челябинского облисполкома в 1987 г. пещера Аверкиева яма была объявлена памятником природы.