Церковь Алексея Митрополита была вторым каменным храмом в Чудовом монастыре, построенная в 1483-1485 годах к юго-западу от соборного храма. К церкви была пристроена 2-х этажная трапезная с келейными палатами. После постройки храма в него были перенесены мощи святителя Алексея, находившиеся в Благовещенском приделе собора. В 1680-86 годах церковь вместе с прилегающими трапезной и палатами была перестроена. С северной стороны была пристроена церковь Благовещения, находящаяся ранее в приделе собора. Обе церкви, перекрытые под одну кровлю были устроены одинаково. Обе на высоком подклете, трехапсидные, пятиглавые и бесстолпные, с отдельными входами для мужчин и женщин. Из церквей проходы вели в трапезные. Благовещенский храм предназначался только для женщин. С западной стороны от трапезных была сооружена новая церковь Андрея Первозванного, служившая только для монахов, с братской монастырской трапезной в торце комплекса. Под трапезными Благовещенской и Алексеевской церквей проходил главный служебный арочный проезд на территорию монастыря. Все монастырские церкви сохранялись до 1929 года, когда были полностью разобраны.
Церковь Богоявления упоминается в летописи с 1374 года деревянной. Она была построена на территории подворья Троице-Сергиева монастыря, и располагалась напротив Троицких ворот. В 1460 году вместо деревянной была построена каменная церковь. Но через двадцать лет она была разобрана, а на ее месте в 1480-1482 годах возведен новый соборный храм из кирпича. Здание стояло на высоком подклете и венчалось тремя главами. В 1806 году все постройки подворья, включая храмы, были снесены.
Церковь святого Сергия подворья Троице-Сергиева монастыря, посвященная Сергию Радонежскому была сооружена вскоре после причисления его к лику святых в 1452 году. Каменная шатровая церковь создана в 1550-60 годах, почти одновременно с собором Покрова на Рву, о чем говорят некоторые общие черты в архитектурном решении. Это единственное известное культовое шатровое сооружение Кремля. На первых графических изображениях Кремля показано многогранное столпообразное сооружение с высоким шатром, увенчанным главкой с крестом, со звонницей и трапезной. Снесена в 1806 году.
Церковь Николы Гостунского построена в связи с чудотворной иконой святителя Николая, найденной близ города Белева на реке Гостуни и доставленной в Москву. Для обретенной иконы на южной стороне Ивановской площади вместо древнего деревянного храма Николы Льняного всего за девять недель была сооружена кирпичная церковь итальянским архитектором Алевизом Новым. 1 октября 1506 года церковь была освящена. В 1560 году с северной стороны в виде отдельной церкви был пристроен придел во имя Введения Пресвятой Богородицы, служивший домовым храмом на новом дворе брата Ивана Грозного. Когда появился другой придел во имя Зачатия святой Анны с южной стороны собора точно неизвестно. В 1754 году сложное позакомарное покрытие церкви и ее приделов были заменены четырехскатными и построена новая трапезная. В 1817 году на Ивановской площади было решено устроить плац, разобрав обветшавшую церковь Николы Гостунского. Все святыни храма были перенесены во вновь устроенную церковь в Успенской звоннице, освященную в июне 1817 года, а старый храм, во избежание проявления общественного недовольства, решено было сломать ночью, что и выполнил 7 августа 1817 года полк солдат под руководством инженера Бетанкура, одного из строителей Манежа.
Сретенский собор сооружен в 1561 году в качестве домового храма при новых деревянных хоромах, построенных Иваном Грозным для своих сыновей. Каменный храм располагался с восточной стороны хором, примыкая с запада к Набережной палате. Его постройка начата сразу после кончины царицы Анастасии Романовой в августе 1560 года. Через полгода храм был завершен, и освященный в феврале, причтен к соборным. Об архитектуре собора можно судить лишь по дошедшим до нас графическим изображениям: одноглавый храм, стоящий на двухъярусной арочной галерее, окружающей его в виде паперти, с пониженным трехчастным алтарем в восточной части, над которым возвышались три главки. С западной стороны показан еще один придел с маленькой главкой. В подклете собора проездная арка соединяла Передний государев двор с двором Запасного дворца. После постройки церквей Теремного дворца Сретенский собор утратил значение соборного храма и находился в крайне обветшавшем состоянии. В 1801 году во время очистки территории Кремля от ветхих строений Петром Валуевым Сретенский собор наряду с другими зданиями был разобран.