Андрей Дерксен родился 20 декабря 1964 года в селе Сереброполь Табунского района Алтайского края. Когда учился в политехническом институте, жил в общежитии рядом с легкоатлетическим манежем и часто ходил туда смотреть соревнования. В итоге занялся бегом сам — в 19 лет.
Пару лет Дерксен бегал средние дистанции, затем сосредоточился на длинных. Помогал ему тренер Иван Грязнов — сильнейший стайер Алтайского края 1980-х. Андрей стал марафонцем и спустя 4 года показал результат 2:22:12 (1989).
Первый ультрамарафон Дерксен пробежал в 1990-м. Это была гонка «Хамар — Дабан» в Бурятии. Потом он участвовал в нескольких многодневных пробегах по Горному Алтаю. Оказалось, что Андрей обладает уникальной способностью быстро восстанавливаться после сверхнагрузок. Он мог достаточно быстро преодолеть более 100 км, а утром следующего дня бежать снова. Так его специализацией стали многодневные марафоны. В 1992-м Дерксен выиграл многодневный пробег на Сахалине и вышел на международный уровень.
В том же 1992-м Андрей стал вторым после рекордсмена мира на 100 км Константина Санталова в многодневном пробеге Мадрид — Барселона. Трижды он был призером гонки Вена — Будапешт.
В Marathon des Sables Дерксен участвовал 5 раз — 3 раза победил (1994-96), один раз сошел, один раз стал четвертым. Тогда его перехитрили марокканские братья Лахсен и Мохамад Ахансалы — рекордсмены MdS по количеству побед. На решающем 80-километровом этапе старший брат пожертвовал результатом ради первого места младшего и увел Дерксена за собой по маршруту, который был длиннее на 8 км. «Они меня переиграли, как в шахматах. Пожертвовали ладью, а выиграли ферзя», — так оценил этот трюк сам Андрей.
Последней международной гонкой Дерксена стал в 2001 году 63-дневный пробег «Транс Австралия», а это — 4500 километров. Несмотря на чудовищную жару и плохую организацию, Андрей финишировал вторым за Анатолием Кругликовым.
Сейчас Андрей Андреевич живет в Барнауле и, по словам его друга Александра Богумила, показывает высокие результаты в ветеранском беге. В частности, 1 декабря 2019-го завершил полумарафон за 1:22:56.
