Фёдор родился в Москве, сын Бориса Фёдоровича Годунова и его жены Марии Григорьевны, дочери Малюты Скуратова. Незадолго до рождения Фёдора его отец стал фактическим единовластным правителем государства. Очень рано, начиная с 1594—1595 годов, почести, равные царским, стали оказываться и малолетнему Фёдору Борисовичу (он «писался» в грамотах рядом с отцом, его имя указывалось в церемониалах приёма послов, от его имени отправлялись дипломатические подарки). С. Ф. Платонов считает, что это возвышение было связано с кончиной малолетней царевны Феодосии Фёдоровны в 1594 году, после чего пресечение московских Рюриковичей стало делом решённым, и Борис стал готовить свою династию в преемники Фёдору Иоанновичу
Уже в 9-летнем возрасте Федор имел собственную государственную печать, принимал послов, регулярно участвовал в заседаниях Боярской думы, в судебной и благотворительной деятельности Бориса Годунова. Федор был очень хорошо подготовлен к правлению, и весьма просвещённым царём, но образован