В период существования СССР по уровню футбола Литва, Латвия и, особенно, Эстония находились не на самых передовых позициях. Тем не менее, в 1980-е годы наметился подъем этого вида спорта в Литве и Латвии.
Особенно серьезных успехов добился вильнюсский "Жальгирис", который не только смог в 1983 году попасть в Высшую лигу чемпионата СССР, но и закрепиться в ней. В 1987 году "Жальгирис" занял 3-е место в союзном чемпионате, пропустив вперед днепропетровский "Днепр" и столичный "Спартак". Бронза позволила на следующий год стартовать в Кубке УЕФА, где, правда, литовская команда лавров не снискала, уступив в первом же раунде венской "Аустрии-Мемфис" по сумме двух матчей (2:0,2:5), явно сказалась неопытность футболистов "Жальгириса", которые уверенно победив дома, и поведя на поле соперника со счетом 1:0, не смогли выйти победителями. Между тем, в июле 1987 года вильнюсская команда под флагом студенческой сборной СССР была отправлена на Универсиаду, где одержала уверенную победу. На следующий год "Жальгирис" остался без медалей чемпионата СССР, но смог попасть в еврокубковую зону, где в сезоне 1989/90 в 1/32 финала Кубка УЕФА взял вверх над его действующим обладателем - шведским "Гетеборгом" 2:0 дома, 0:1 в гостях, но в 1/16 финала был вынужден уступить одной из сильнейших команд мира на тот момент - белградской "Црвене Звезде" (1:4,0:1).
Второй командой в Литовской ССР был клайпедский "Атлантас" находившийся под патронажем рыболовного флота республики. Повторить путь "Жальгириса" клайпедская команда не смогла, но в 1985 году, выиграв турнир во второй лиге, "Атлантас" поднялся на более высокий этаж, правда, быстро вылетев обратно, заняв предпоследнее место. С 1987 по 1989 года «Атлантас» боролся за возвращение в 1-ю лигу, дважды занимая 2-е место в 5 зоне, но сделать главный шаг так и не получилось.
Про эстонский футбол советского периода сказать особо нечего, его представитель таллинский "Спорт" без особого успеха выступал во 2-й лиге, где играл вместе с "Атлантасом".
Самобытную, интересную команду удалось создать в Латвии. Речь идет о рижской "Даугаве", у которой был реальный шанс в 1980-е перебраться в Высшую лигу чемпионата СССР. В 1982 года рижане, поднявшись годом ранее в 1-ю лигу, заняли 8-е место, в 1983 г. - 14 место, в 1984 г. - 7-е место, а в 1985 году стали победителями чемпионата СССР в 1-й лиге, однако, из-за новой формулы, предусматривающей переходной турнир, не смогли подняться в Высшую лигу. "Даугава" заняла 4-е место, дав возможность сохранить прописку в элите одесскому "Черноморцу" и бакинскому "Нефтчи" (3-е место занял второй претендент от 1-й лиги - ЦСКА). В 1986 году рижской команде не удалось использовать свой второй шанс (он же последний) на повышение. Набрав в турнире наибольшее количество очков (62), «Даугава» лишилась двух, сыграв 14 матчей вничью при лимите в 12. Во 2-й лиге от Латвийской ССР выступал "Звейниекс" из Лиепаи, но без особых успехов.
Вполне возможно, что "Жальгирис" из Вильнюса и рижская "Даугава" смогли бы добиться большего, но вмешалась политика. СССР распался, а с ним прекратил существование и единый чемпионат. Началась новая эпоха, в независимых республиках стартовали свои национальные турниры, появились сборные.
Уровень клубного футбола в Литве и Латвии понизился, вот, пожалуй, только в Эстонии началось выстраивание и развитие, но это относительное сравнение. В СССР эстонский футбол, скажем мягко, не занимал значимых позиций и падать ему особо было некуда. "Жальгирис" же растерял свои кадры, в том числе тренерские, покинули клуб и ведущие футболисты, но, тем не менее, за годы независимости он 8 раз становился обладателем золотых наград. "Атлантас" также вступил в сложный период развития. Из-за финансовых проблем, почти все игроки отправились в другой клуб из Клайпеды - «Сириюс», который выиграл Кубок Литвы и первый чемпионат. «Атлантас» же был переименован в «Гранитас». Однако в 1995 году "Сириюс" прекратил существование из-за экономических проблем. Городскими властями Клайпеды было решено оставить только один клуб и дать ему имя «Атлантас». С конца 90-х над клубом берут шефство частные службы безопасности Литвы. "Атлантас" 3 раза выигрывал (последний раз в 2013 году) серебро национального первенства.
Судьба латвийской "Даугавы" оказалась печальной. После распада СССР команда прекратила существование. Лидером клубного футбола Латвии стал учрежденный в 1991 году клуб "Сконто" из Риги, который 13 лет подряд становился чемпионом страны (всего 14 раз). Команда стала главным базовым клубом сборной, но в 2015 году и она прекратила существование из-за банкротства. Последние три года чемпионом Латвии становился футбольный клуб "Рига". Что касается лиепайского "Звейниекса", то после 1990 года он также прекратил существование.
Основу клубов национальных чемпионатов Литвы, Латвии и Эстонии составили команды и футболисты, ранее выступавшие в местных региональных турнирах, что и предопределило невысокий их уровень. Все три бывшие советские республики на международной арене лавров не снискали. В настоящее время прибалтийские клубные команды не котируются в Европе, так как им не удается пройти даже квалификацию к основным стадиям еврокубков.
Среди сборных бывших советских прибалтийских республик наибольшего успеха достигла сборная Латвии, которая в 2004 году вышла в финальный турнир Чемпионата Европы по футболу, где сыграла в группе в ничью со сборной Германии (0:0). В отборочном цикле к Чемпионату Европы 2012 года сборная Эстонии смогла занять 2-е место в отборочной группе, опередив Сербию, Словению, Северную Ирландию и Фарерские острова, но в стыковых матчах уступила сборной Ирландии (0:4, 1:1). Лучшим результатом Литвы стало 3-е место в отборочной группе к Чемпионату мира 1998 года, где им удалось опередить сборные Македонии, Исландии и Лихтенштейна. Литовская сборная была сильнейшей по составу в Прибалтике после распада СССР, но на футбольном поле добиться весомых результатов не смогла. В настоящее время все три сборные (Литва, Латвия, Эстония) относятся к аутсайдерам европейского континента.