Каракалпаки одни из самых древних насельников Средней Азии из ныне живущих в ней народов. Древнее их только таджики, предки которых пришли из Ирана вместе с арабскими завоевателями и смешались с местными согдийцами. Каракалпаки в русских источниках известны с 12 века как "черные клобуки" - степные племена вошедшие в состав Киевской Руси и выполнявшие пограничные функции на границе с Дикой Степью.
До середины 18 века каракалпаки имели широкое расселение от Ферганской долины до современной Астраханской области РФ. Сейчас в этих регионах остались только небольшие обособленные этнические группы. Большая часть каракалпаков в 18 веке переселилась в современный Каракалпакстан Узбекистана, где также жили их соплеменники.
Каракалпаки издревле были полуоседлым народом, который удачно сочетал в своем хозяйстве земледелие, отгонное скотоводство и рыболовство. Каракалпаки сеяли пшеницу, рис, просо, кунжут, хлопок, люцерну, были первостатейными рыболовами (использовали камышовые заграждения, острогу и сеть), научившими этому казахов. Известны они были и как скотоводы, выращивавшие тягловые виды скота - рабочих быков и лошадей.
Каракалпаки самыми первыми из современных кочевых народов Средней Азии стали строить постоянные глинобитные дома для зимнего периода- тамы. Но при этом они продолжали использовать юрты для того, чтобы жить в них в летний период. Обычно во дворе дома стола юрта, которую собирали в летний период. Казахи переняли такой порядок жизни только в 19 веке.
Современные каракалпаки как отдельный тюркский народ известны с 1598 года, как оседлое племя, жившее около Сыгнака (древнее городище на территории Кызылординской области).
Каракалпаки в 16 веке входили как подчиненное племя в состав Алтыаульской ногайской орды, кочевавшей от Урала до северной части Аральского моря. У каракалпаков не было собственной династии чингизидов и их родами управляли то ногайские мурзы, то казахские султаны.
В начале 17 века каракалпаки воспользовались падением династии Шейбанидов и начавшимся периодом безвластия объединились и осенью 1603 года захватив у казахов Туркестан и Ташкент выдвинули ханом своего ставленника Абд Аль-Гафара.
Казахские ханы Есим-хан и Батыр-хан не смогли подавить сепаратистское движение и потерпели поражение, потеряв еще Сайрам и Андижан (тогда был в поддатном владении у казахских ханов в качестве аталыка - ненаследственного владения).
Так как с каракалпаками не получилось справиться военными методами то в ход пошли идеологические. Абд Аль-Гаффар был обьявлен лжечингизидом (так скорее всего и было) и практически все чингизиды Средней Азии объявили ему войну как узурпатору. Весной 1605 года в местности Каракамыс около Ташкента Есим-хан и Батыр-хан победили каракалпаков и убили их предводителя. Каракалпаки подчинились казахским ханам.
С середины 17 века каракалпаками правили потомки сибирского хана Кучума, которые откочевали к казахам и стали одной из казахской династий чингизидов. Каракалпаки с Кучумами участвовали во всех войнах против Российского царства, которые велись с целью освобождения Сибири от русского владычества. В том числе принимали участие в многочисленных восстаниях башкир против русских.
Каракалпаки сейчас представляют собой очень интересный народ, культура и способы хозяйствования которого вобрала в себя практически все что есть полезного в центральноазиатском регионе. В одежде и домашней утвари каракалпаков видны влияния туркменов, казахов, узбеков и таджиков. А их самобытность и древнейшее происхождение не вызывает сомнение. Наверное поэтому они легко уживаются как среди узбеков и таджиков, так и среди казахов с туркменами.