В 1204 году рыцари св. Иоанна Иерусалимского захватили Крит, а затем продали его Венецианской республике. Вплоть до падения Константинополя, в 1453 году, критяне продолжали ощущать себя частью Византийской империи, почитали византийских императоров. Новые властители насаждали на острове католичество и пытались подчинить себе православные монастыри, которые издавна были главными очагами сопротивления поработителям. Одна из кровавых стычек закончилась временной победой критян и даже образованием критской «Республики Св. Тита».
После падения Константинополя венецианцы, убедившись в непоколебимой крепости религиозного духа критян, и чувствуя усиливающуюся опасность со стороны турок, отказались от конфронтации с местным населением и попытались наладить отношения с православной церковью. Они поддерживали существующие монастыри, способствовали появлению новых. Сотни критян постригались в монахи с единственной целью - избежать принудительной морской службы в венецианской армии, которая на деле означала тяжелую работу на галерах. К началу XVII века на Крите было до 1000 монастырей.
Время венецианского владычества - это время бурного строительства на острове. Вдоль всего побережья укреплялись уже существующие крепости (Кандия) и строились новые (Спиналонга, Франгокастелло, Палеохора, Иерапетра), восстанавливались города (Ханья, Ретимно). В пределах городских стен возводились храмы и дворцы, застраивались целые кварталы, площади украшались фонтанами.
В XV-XVI веках Крит, достойный наследник культурных традиций Восточного Средиземноморья, стал крупным духовным и художественным центром. В этот период в городах возникали многочисленные школы, монастырские библиотеки способствовали развитию богословия. Многие критяне получали образование в университетах Венеции и Падуи. Под воздействием итальянской ренессансной культуры расцветало искусство живописи и литература.
После 1453 года многие мастера греческого происхождения перебрались из Константинополя на Крит, где заложили основы, так называемой, критской школы иконописи, сочетавшей византийские традиции и новые современные веяния, идущие с Апеннинского полуострова.
Один из видных представителей критской школы - Михаил Дамаскинос - был учителем Доменико Теотокопулоса, более известного под именем Эль Греко. Эль Греко родился на Крите в 1541 году. Выучившись на живописца, он уехал в Италию, а затем в Испанию, где и прославил свою родину. Дамаскиноса и других критских художников называли «мадоннери», потому что они писали прекрасные лики Богоматери и святых. В XVI веке критские иконы экспортировались по всему православному миру, и торговля произведениями искусства оставалась одним из основных источников доходов Крита в тот период. Самые значительные произведения литературы на греческом языке создавались тогда именно на Крите. Под арочными сводами лоджий в Кандии и Ретимно звучали куртуазные баллады о страстях «Эротокритоса» (эпической поэмы Винценцоса Корнароса, в которой дух народной поэзии проступает сквозь форму рыцарского романа), разыгрывались драмы на библейские сюжеты («Жертвоприношение Авраама» Корнароса) и комедии («Панория» Георгиоса Хортациса).
