Вообще история довольно загадочная. Мощи находились в самом сердце государства, в Кремле, а когда и куда исчезли никто толком не знает. Святитель Стефан Пермский был талантливым, если не сказать великим миссионером, обратившим в православие пермскую землю, где жили зыряне – лютые язычники, у которых даже письменности не было. Стефан умудрился дать им и письменность, и перевести на неё самые важные книги, и подготовить кадры священнослужителей, которые остались после него. На такие вещи нескольких жизней не хватит, но он как-то справился. Умер он нестарым, в 1396 году, находясь в Москве по делам своей далёкой епархии. Его погребли в Кремлевском храме Спаса-на-Бору, к великой скорби зырян, которые хотели, чтобы тело их архиерея упокоилось на пермской земле.
Якобы до 1612 г. останки находились в напольной гробнице (раке), но из опасения разграбления мощей польскими интервентами их перезахоронили в каменный саркофаг под полом храма (под спуд), а стоявшая сверху пустая рака лишь означала место захоронения. Есть информация, что через 200 лет до мощей всё же добрались французы. Неизвестно, было ли там что ценное для мародёров, но некоторые кости они куда-то дели, а остальные сложили в ящик и вернули на место. Ящик потом истлел, так что сложенные в него мощи так и лежали кубиком, когда их открыли.
В 1933 году советская власть многое переделывала в Кремле и древнейший на московской земле каменный храм оказался разобран. Считалось, что мощи пропали именно тогда. Было три версии их дальнейшей судьбы. Первая – сама фантастическая: будто бы мощи вывезли за границу. Согласно второй версии их увезли в безвестном направлении на одно из московских кладбищ вкупе с останками из других многочисленных кремлёвских захоронений. Третья бытовала среди музейных смотрителей: хлопотами их предшественников гробницу перенесли под Успенский собор.
Историки словно бы забыли, что ещё в 1909 году была собрана специальная комиссия Синода по обретению мощей Стефана Пермского. Ее создали после того, как в Синод в очередной раз обратились жители Перми с просьбой передать им мощи святителя. Соответствующие архивные документы рассекретили лишь в конце XX века. Непонятно, что там было секретного, но это, видимо, судьба всей документации, связанной с Кремлём.
Вот что рассказала тогда научный сотрудник музея «Московский Кремль» Т.Д. Панова:
Подняли раку – она оказалась пустой. Раскопали под ней землю, нашли немного костей, вроде бы как лежавших в ящике. Сам ящик не сохранился. Прокопали еще глубже, нашли еще какие-то кости. В итоге все эти кости перемешали, и Синод постановил, что мощи Стефана Пермского не сохранились. Потому что останки святителя невозможно было выделить из других костей. Хотя они там явно наличествовали. И Николай II эту резолюцию Синода подписал. Найденные кости снова захоронили на старом месте. Есть архивное дело, где все эти документы подшиты со всеми подписями комиссии, в том числе и Государя Николая II.
Так что история с мощами завершилась в 1909 году. А в дальнейшем я не знаю, какие могли выявить останки, да и могли ли их вообще обрести при разрушении храма. Потому что храм разрушался буквально в течение нескольких дней. Все гробы и прочее буквально ломалось и увозилось. Кто мог заниматься костями в тот момент? При разрушении храма часть останков была закопана рядом с ним. В 1997 году, когда на месте храма копали коллектор, мы нашли эти кости. Там лежали останки двадцати пяти человек. Но кто там знает, чьи они? Слава Богу, что, когда храм ломали, их никуда не вывезли, не выбросили, а просто кучей закопали обратно. Мы тоже сделали яму в этом коллекторе и снова захоронили обнаруженные кости.
Надо сказать, что кое-где всё-таки встречаются частицы мощей св.Стефана. По всей видимости, если только они подлинные, это фрагменты, отделённые от его останков в 1612 году, когда мощи перезахоранивали. Разойтись по немногим монастырям и храмам они могли только с того момента.