События картины "Все началось в Харбине" разворачиваются в период с 1929 по 1956 год. Это повествование о жизни одной из миллионов советских семей, в чьи судьбы неумолимо вторгается большая история, об их попытках выжить, сохранить любовь и семью под гнетом репрессивной системы.
В основе сюжета – сложная, полная драматических событий судьба Бориса Эйбоженко (Данила Козловский), сына сотрудника Китайско-Восточной железной дороги, сумевшего пережить революцию, миграцию, гонения, долгие годы заточения и потерю любимой.
История завязывается в 1929 году в Харбине в один из самых драматичных моментов в истории Китайско-Восточной железной дороги. Борис Эйбоженко и его младший брат Володя (Филипп Ершов) ведут беззаботную жизнь обычных подростков. Но их семью в результате политически неверного поступка отца записывают в неблагонадежные. Отец (Игорь Иванов) вынужден уйти с КВЖД.
Между Борисом и Людой Ержановой (Анна Чиповская), отец которой – начальник станции (Игорь Скляр), начинается роман. Но Люда вскоре сбегает из Харбина с бывшим белогвардейским офицером (Никита Ефремов).
В 1932 году власть в Харбине переходит к японским оккупантам и все КВЖДинцы вынуждены вернуться в СССР. Всех "харбинских" знакомых и друзей семьи Эйбоженко арестовывают. А вскоре арестовывают отца, затем мать (Дина Корзун), младшего брата Володю и самого Бориса…
На долгие годы Борис расстается с родными. Роковую роль в его судьбе сыграет комиссар ОГПУ Крахмальников (Владимир Епифанцев), которому суждено как сломать, так и спасти жизнь Борису.
