Проект космического корабля «Клипер» зародился в России в начале 2000-х годов. Корабль имел широкий круг предназначений: обслуживание и ремонт космический станций, доставка и спасение космонавтов, а также любые операции на околоземной орбите.
Его особенностью стали долговечность (за счёт повторного использования капсулы) и высокая эффективность. Многоразовый аппарат массой около 14 тонн мог возвращать с орбиты пол тонны груза, а выводить в полтора раза больше. Кроме этого, он вмещал в себя шесть членов экипажа, которые могли находиться внутри до двух недель. Корабль должен был стать отличной заменой устаревшим «Союзам». Выводить аппарат на орбиту должна была проектируемая ракета «Онега».
«Клипер» имел 16 маневровых двигателей, работающих на спирте и жидком кислороде.
Первоначальный вариант «Клипера» состоял из кабины экипажа со всеми системами жизнеобеспечения и приборно-агрегатного модуля. В нижней части «Клипера» находятся два аэродинамических щитка и тепловая защита для предотвращения перегрева в ходе посадки. При сходе с орбиты, агрегатный отсек отстыковывался, а спускаемый совершал мягкую посадку при помощи пяти бортовых парашютов.
Также на борту была установлена надёжная система аварийного спасения (САС). В 2005 году был определён конечный вариант «Клипера» — крылатый, в котором спускаемый аппарат совершает посадку на аэродром, как самолёт. В этом случае не требовались траты на парашютную систему и работу поисково-спасательной службы.
Однако к 2006 году работы по «Клиперу» были отложены на неопределённый срок, а затем проект был переформирован для создания к 2022 году лунного корабля «Федерация».