Церковь Святого Франциска была построена во второй половине XIV века на юго-востоке исторической части города Шибеника. Церковь строилась в готическом стиле, поэтому здание не украшено никакими декоративными элементами или каменными рельефами.
В XV веке к северной части церкви была пристроена часовня Святого Креста и полностью перестроена часть церкви, где располагается алтарь (пресвитерий). Орган, расположенный в часовне, был создан в 1762 году мастером Петаром Накичем.
На территории церкви с южной ее стороны располагается монастырь Святого Франциска. Он был построен в XIV веке. В монастыре собрана богатейшая коллекция произведений искусства и различных культурно-исторических объектов. Данная коллекция собиралась на протяжении нескольких веков. Сегодня монастырь Святого Франциска по праву считается основным местом, где хранится наследие города. Особо ценной является монастырская библиотека. Здесь собрано более 140 первопечатных книг (инкунабул), а также коллекция рукописных документов.
В настоящее время в монастыре хранится старейшее произведение хорватской литературы – Молитва Шибеника, она написана на латинице и датируется 1375 годом.
