Предыстория самого титулованного клуба Нидерландов начинается в 1893, когда трое друзей студентов — Хан Даде, Карел Ресер и Флорис Стемпел решили основать собственную футбольную команду, которая получила название Юнион. Позже название сменили на Footh-Ball Club Ajax, содержавшее явную орфографическую ошибку. В 1896 на месте, где играл Аякс, планировалось построить дома, в связи с чем многие игроки разбежались по другим командам. Аякс прекратил своё существование.
14 марта 1900 23-летний Флорис Стемпел выслал своим друзьям письмо, которое содержало приглашение на встречу в кафе «Ост-Индия» на улице Калверстрат 2. В воскресное утро 18 марта состоялось историческое заседание друзей Стемпела, на котором было решено создать новую команду под названием Футбольный Клуб Аякс, имя которой уже не содержало орфографических ошибок. (18 марта 1900 считается официальным днём основания клуба.)
Стемпел стал президентом клуба, а его друзья, Хан Даде и Карел Ресер, ставшие соучредителями, вошли в первое официальное правление клуба. Затем Аякс вступил в Футбольный союз Амстердама и арендовал поле для домашних игр на севере Амстердама в районе Бёйкслотерхам. Эмблемой команды стал рисунок игрока Аякса, в красно-белой рубашке и чёрных трусах.
21 мая 1911 стал историческим днём в истории клуба, Аякс перешёл в первый (высший) футбольный класс. В первые десять лет Аякс выступал в футболках с чередующимися белыми и красными полосами, а также в чёрных трусах и гетрах. Такая же форма была у Спарты из Роттердама, а по правилам в случае, если у новичка первого футбольного класса была похожая по цвету форма, дебютанту нужно было поменять форму. Летом 1911 Аякс поменял форму, новой экипировкой стала белая футболка с вертикальной широкой красной полосой на груди и спине, трусы также стали белыми.
В 1918 Аякс завоевал первый национальный титул, одержав победу в чемпионате Нидерландов сезона 1917/18.
20 сентября 1928 года эмблемой клуба стала голова греческого героя Аякса, который в древнегреческой мифологии участвовал в осаде Трои.
В 1961 Аякс, в составе которого блистали Шак Сварт, Ко Принс, Тон Пронк и молодой Пит Кейзер, выиграл Кубок Нидерландов и первый международный турнир - Кубок Интертото (1961/62).
В 1964/65 бывший игрок клуба Ринус Михелс положил начало революционной эры в Амстердаме, подстраивая игру команды под стиль «тотального футбола», который позже взяла на вооружение и сборная Нидерландов. Новая тактика дала свои результаты: Аякс выиграл три чемпионата Нидерландов подряд (1965/66, 1966/67 и 1967/68), забив в первый чемпионский сезон во всех турнирах 122 мяча (является национальным рекордом), из которых 33 забил юный Йохан Кройф.
1971 стал для Аякса настоящим годом славы, клуб выиграл трофей как во внутреннем первенстве (в финале Кубка Нидерландов обыграли роттердамскую Спарту), так и европейском (в финале Кубка европейских чемпионов со счётом 2:0 обыграли греческий Панатинаикос под руководством одного из величайших футболистов XX века Ференца Пушкаша, голы забили ван Дейк и Хан). Однако сезон мог закончиться тройным успехом, если бы Аякс победил и в чемпионате страны, но заняли лишь второе место (после Фейеноорда). Первый для себя Золотой мяч получил Йохан Кройф (обладателем второго и третьего для себя Золотых мячей он стал, будучи игроком Барселоны в 1973 и 1974).
Следующие годы Аякс доминировал на европейской арене: в 1972 клуб выиграл Чемпионат и Кубок Нидерландов, второй подряд Кубок европейских чемпионов (в финале был обыгран итальянский Интер со счётом 2:0, дубль оформил Кройф), Суперкубок УЕФА и Межконтинентальный кубок.
В 1973 в финале против Ювентуса выиграв со счётом 1-0 (гол забил Джонни Реп), Аякс получил свой третий Кубок европейских чемпионов. В оставшейся части 1973 Аякс выиграл чемпионат, но проиграл кубок страны.
Отъезд Йохана Кройфа в Барселону в 1973 стал признаком того, что игроками Аякса стали интересоваться европейские гранды. Но это послужило концу периода успеха, и концу так называемой команды «12 Апостолов», в которую обычно входили: Хайнц Стюи, Вим Сюрбир, Барри Хюльсхофф, Хорст Бланкенбург, Руд Крол, Ари Хан, Йохан Нескенс, Герри Мюрен, Шак Сварт, Йохан Кройф, Пит Кэйзер, и двенадцатым игроком были иногда, Руд Сирендонк (до 1972), и Джонни Реп. Этим составом в период 1971-1973 были биты Реал Мадрид, Бавария, Интернационале, Арсенал и Ювентус (позже тренер Аякса Томислав Ивич назвал этот период эрой «Глория Аякс»).
Поражение во втором раунде Кубка чемпионов 1974 от болгарского ЦСКА стало показателем снижения силы Аякса в европейском футболе.
В 1985 Кройф вернулся уже как главный тренер Аякса. Результат прививания тактики нападения и стиля игры, созданных Кройфом, стал виден в первом же сезоне, когда Аякс забил за сезон 120 голов, из которых 37 были на счету новой звезды клуба Марко ван Бастена. А в 1987 Аякс стал победителем Кубка обладателей кубков, в финале победив клуб из Локомотив из Лейпцига (ГДР) со счётом 1:0 (гол забил ван Бастен).
В следующем сезоне Аякс снова дошёл до финала, но уступил с минимальным счётом бельгийскому Мехелену.
1 июля 1990 привычный силуэт лица героя Аякса на эмблеме клуба превратился в одиннадцать чёрных линий, которые всё равно отображали силуэт героя Аякса. Эти 11 линий стали отображать в символической форме одиннадцать игроков футбольной команды.
В 1991 главным тренером стал Луи ван Гал, который в первом же сезоне выиграл Кубок УЕФА, одолев в двухмачтовом финале итальянский Торино 2:2 (за счёт большего количества голов на чужом поле). По пути к финалу отличился своей игрой Денис Бергкамп, забив 6 голов.
Сезон 1994/95 стал для Аякса возвращением европейского успеха. Клуб выиграл национальный чемпионат без поражений, а также отпраздновал победу в Лиге Чемпионов.
Это был последний сезон для Франка Райкаарда, в этом же сезоне проявил себя молодой 18-летний нападающий Патрик Клюйверт. Именно он, выйдя на замену в финале Лиги Чемпионов, помог Аяксу победить итальянский Милан со счётом 1:0. Аякс продолжил выигрывать и в матче за Межконтинентальный кубок (в серии пенальти был обыгран бразильский Гремио). В следующем сезоне Аякс уступил в финале Лиги Чемпионов Ювентусу в серии пенальти (основное время закончилось со счётом 1:1 - за Аякс забил Яри Литманен; не реализовали свои послематчевые удары Эдгар «хищник» Давидс и Сонни Силой).
В том же 1996 был открыт домашний стадион клуба «Амстердам-Арена», который является крупнейшим после Олимпийского футбольным стадионом в Нидерландах, вмещающим более 52 тысяч болельщиков.
В сезоне 2002/03 Аякс пытался вернуть себе Кубок Чемпионов. Под руководством Рональда Кумана, во главе с капитаном Кристианом Киву, Рафаэлом ван дер Вартом, Златаном Ибрагимовичем, Мидо и с вернувшейся легендой Аякса Яри Литманеном, команда отлично выступила в Лиге чемпионов 2002/03, дошла до четвертьфинала турнира, но уступила итальянскому Милану (2:3 по сумме двух матчей).
В сезоне 2007/08 Аякс продал двух самых талантливых своих игроков: Райана Бабеля за 17 млн. евро в английский «Ливерпуль» и Уэсли Снейдера за 27 млн. евро в испанский Реал Мадрид. Бабеля заменил Луис Суарес, пришедший из Гронингена, а замену Снейдеру найти не смогли. Ситуацию усугубила травма Эдгара Давидса. Результатом стал вылет из ЛЧ на ранней стадии от чешской Славии.
Во внутреннем первенстве команда выступала лучше, нападающие Аякса Луис Суарес и Клас-Ян Хюнтелар сразу отметились большим количеством забитых мячей.
В декабре 2010 главным тренером был назначен Франк де Бур, под руководством которого Аякс четыре раза подряд стал чемпионом Нидерландов (2010/11, 2011/12, 2012/13 и 2013/14), установив рекорд по количеству чемпионских титулов (33).
Аяксу также принадлежит рекорд по количеству побед в Кубке страны (18).
В 2017 Аякс дошёл до финала Лиги Европы, однако уступил Манчестеру Юнайтед, которым руководил «особенный» тренер Жозе Моуриньо (0:2).
