Чтобы не потерять закладки и другие пользовательские данные при переустановке Яндекс.Браузера, используйте синхронизацию, встроенные инструменты экспорта/импорта или ручной перенос файлов. Я обычно настраиваю синхронизацию, но этот способ подходит не для всех ситуаций...

Яндекс Браузер, как и Google Chrome, умеет генерировать и сохранять за вас пароли, а затем подставлять их в нужных местах. Если вам это надоело и вы хотите, чтобы браузер позабыл какой-то из паролей, это вполне можно реализовать...