Монофилия - это одно из центральных понятий в филогенетике, и оно принципиально важно для интерпретации полученных результатов. Естественная группа с общей эволюционной историей - это по сути монофилетическая группа. И это то, что мы пытаемся понять, является ли изучаемая группа естественной или нет. Я здесь следую трактовке Хеннига, и даю определения согласно кладистической парадигме. Монофилетической называется группа, которая включает предка и всех его потомков. Монофилетическая группа это синоним термина "клада", потому что клада по определению монофилетична...

Допустим, мы получили какую то филогению. Как узнать, насколько она хороша и с какими таксонами есть проблемы? Для этого есть поддержки ветвей. Они по сути показывают, как устойчивы те или иные ветви. Хорошие поддержки говорят о том, что много признаков поддерживают ветвь и, скорее всего, она заслуживает доверия. Низкие поддержки говорят о том, что эту ветвь поддерживает мало признаков, либо есть серьезная несогласованность разных признаков в случае этой ветви. Таким образом, есть вероятность, что...