кДж/моль - это «сколько энергии нужно (или выделится), чтобы что‑то сделать с одним молем вещества». То есть кДж/моль отвечает на вопрос: «Сколько килоджоулей энергии уйдёт или выделится, если мы провзаимодействуем с одной такой большой порцией вещества?» Когда говорят, что энергия ковалентной (например, пептидной) связи - порядка 300-400 кДж/моль, это значит: чтобы разорвать такие связи в одном моле вещества (то есть в огромной куче молекул), нужно подвести примерно 300-400 килоджоулей энергии. Это много: поэтому в обычных условиях (комнатная температура, нейтральный pH) ковалентные связи сами не рвутся...