ЗАМЕТКИ СЕЛЕКЦИОНЕРА

Резюмирую статью о пангеноме. При секвенировании используемом для ГС проводят "выравнивание" по референсному геному. Чаще всего это линия которую отсеквинирывали первой. Те генетические отличия которые встречаются, кроме snp, игнорируются из за чего из анализа выподают гены и даже кластеры генов. Это первое. Второе это то что за единицу полиморфизма при анализе предла гается брать не snp а более сложные конструкции. Если мы возвращаем в анализ части генома отсутствовавшие при секвенировании с выравниванием по референсному геному, то при анализе геномов в популяции мы получаем не линейную картинку, а с "разветлениями" ,т.е. более объемную и отражающую фактическое состояние, что уже позволяет находить гены не замеченые ранее и видить взаимодействия между генами. Если ГС это статистика и случайные связи snp и признаков, то пангеномика возвращает в анализ биологический смысл. По мере своего развития этот метод обгонит ГС по эффективности. Но разумеется это не замена классический селекции, а надстройка.

Хотел рассказать об одном успешном селекционном проекте, встретившем трудности на этапе внедрения, но оказалось, что об этом уже есть статья в Википедии — ru.wikipedia.org/...81, поэтому с подробностями предлагаю ознакомиться там, а здесь кратко изложу суть. Цель создания «золотого риса» (golden rice) — борьба с дефицитом витамина A в развивающихся странах (Африка, Южная и Юго-Восточная Азия). По данным ВОЗ, от гиповитаминоза страдают миллионы детей и беременных, что ежегодно приводит к смертям и слепоте. Программы прямого снабжения витамином A сократили дефицит, но рис — основа питания в этих регионах, поэтому его модификация — простое и дешёвое решение. Витамин A синтезируется в организме из бета-каротина. Учёные внедрили в рис гены нарцисса и бактерии, чтобы бета-каротин накапливался в зерне. Первая версия риса (2000 год) давала мало каротина. Улучшенная версия (Golden Rice 2, 2005) с геном кукурузы производит до 37 мкг/г каротиноидов: 100–150 граммов такого риса покрывают 60% суточной потребности в витамине A. После создания «золотого риса» его нужно было адаптировать для тропического климата Азии. Этим занялся Международный институт риса (Филиппины). Учёные перенесли нужные гены в местные сорта (Rc82, IR64, BR29) с помощью скрещивания. Лучшей признали линию GR2E: она сохранила свойства обычного риса, а содержание каротина позволяло покрыть 40–80% нормы витамина A для детей. Права на технологию принадлежат компании Syngenta, но фермеры с доходом до $10 000 в год могут использовать её бесплатно, однако экспорт зерна запрещён. У проекта много противников, особенно Greenpeace. Критики сомневались в безопасности и эффективности риса, но исследования (2006–2012) доказали: он не вызывает аллергии, каротин не разрушается при варке и хорошо усваивается организмом. Проблемой остаётся потеря каротина при хранении. Несмотря на одобрение регуляторов США, Канады, Австралии и Филиппин (2021), в 2023 году Верховный суд Филиппин отменил разрешение на выращивание под давлением экологов. В Бангладеш вопрос о допуске риса до сих пор не решён.

В 2024 году Госсорткомиссия (ГСК) отметила 100-летний юбилей. Много можно прочесть о ее исключительной полезности. Но все чаще можно услышать мнения, что ГСК в настоящее время не только не приносит пользы, но и тормозит внедрение новых сортов, а с введением оплаты за испытания хозяйственной ценности для многих не крупных селекционеров просто закрывает доступ на рынок. Говорят, что испытания на многих госсортоучастках проводятся некорректно, в то же время реестр полон сортов, не удовлетворяющих потребности рынка. Для того чтобы выяснить, имеют ли значение результаты испытаний сортов ГСК для СХТП, я прошу пройти опрос: t.me/breeders_n...