Под ареной находилось глубокое подземное помещение (hypogeum). В современное время это помещение можно хорошо рассмотреть. Оно включает в себя двухуровневую систему клетей и тоннелей. Здесь содержались гладиаторы и животные.
Сцена была оснащена сложной системой поворотов и различных приспособлений для спецэффектов, многие из которых до наших дней не сохранились.
Для поднятия гладиаторов и животных на арену использовалась специальная система лифтов, состоящая из 80 вертикальных подъемников. Там была даже обнаружена гидравлическая система, позволявшая быстро опускать и поднимать арену.
Гипогей связывала сеть подземных тоннелей с любыми точками амфитеатра, также существовало много ходов за пределами Колизея. Гладиаторов и животных доставляли из расположенных неподалеку бараков. Кроме того, в подземелье существовал специальный ход для нужд императора и весталок.