Made of
Предлог of используется, когда исходный материал не претерпел значительных изменений в плане целостности своего состава. Его не разложили на составляющие элементы для их использования. Часто материал хорошо узнаваем.
Traditional Japanese houses were made of wood. – Традиционные японские дома делали из дерева.
She wore a beautiful necklace made of silver. – На ней было надето красивое ожерелье, сделанное из серебра.
Made from
Предлог from используется, когда исходный материал настолько значительно перерабатывается, что его не только не узнать, но и его исходный состав значительно меняется. Часто используется только часть исходного состава материала.
Wine is made from grapes. – Вино изготавливают из винограда.
Plastic is made from oil. – Пластик делают из нефти.
Здесь интересно обратить внимание на то, что про ткани и одежду говорят made of.
What's your shirt made of? – Из чего сделана твоя рубашка?
Underneath this she wore black cotton trousers - ideally these should have been made of silk, but she felt sure no one would notice. – Под этим на ней были черные хлопковые брюки, в идеале, они должны были быть сделаны из шелка, но она была уверена, что никто не заметит.
Если подумать, такие ткани, как хлопок, шелк, шерсть не претерпевают значительных изменений в своем составе. То есть хлопок в рубашке – это тот же хлопок, что и в коробочке хлопчатника. Шелк в платье – тот же шелк, что и в коконе гусеницы шелкопряда. Шерсть в носках по составу та же, что и на живой овечке.
Made out of
Предлог out of мы используем, когда говорим, что какая-то вещь была переделана в другую. Так сказать repurposed.
In the 1970s, it was popular to have candle-holders made out of wine bottles. – В 1970-ые годы было популярно иметь подсвечники, сделанные из винных бутылок.
They were living in tents made out of old plastic sheets. – Они жили в палатках, сделанных из старых листов пластика.
Made with
Мы используем предлог with, когда говорим об ингредиентах в блюде.
a sandwich made with round Italian bread and filled usually with cold cuts, cheese, and olive salad - бутерброд, сделанный на круглом итальянском хлебе обычно с прослойкой из мясной нарезки, сыра и соуса из оливок.
Успехов!