В 1812 году накануне вступления в Москву наполеоновской армии из города вывезли в Вологду самые почитаемые московские иконы Божией Матери: Владимирскую, Иверскую и Смоленскую. Однако не менее чтимую Казанскую икону из Казанского собора на Красной площади оставили на месте. Возможно, это было сделано намеренно, чтобы укрепить дух москвичей, охваченных унынием и потерявших надежду на избавление от врага. Так или иначе, когда наполеоновские солдаты ворвались в Москву, святой образ даже не спрятали должным образом. Во многих церквях священнослужители хотя бы закапывали иконы во дворе или прятали в печи или под своды. Но Казанский образ просто оставили в церкви на своем месте.
В 1812 году в Казанском соборе служили настоятель протоиерей Иоанн Сергиев, три священника, диакон и два дьячка. Довольно большой причт, но из него стоит особо отметить служившего с 1796 года дьячка Захария Софониева. В первые дни захвата Москвы все перечисленные священно и церковнослужители будто и забыли про Казанский собор. Охваченные паникой, они разбежались и спрятались кто, где мог. Только неделю спустя, то есть 8 сентября, дьячок Захария Софониев набрался мужества проникнуть в Казанский собор. Он увидел ужасную картину: вся церковная утварь была расхищена, престол и жертвенник повреждены, а в алтаре лежал труп лошади. К счастью, сама Казанская икона французов не интересовала, они только сняли с нее серебряную ризу с украшениями. Итак дьячок Захария тайно вынес икону из церкви и направился в дом протоиерея Иоанна Сергиева.
О. Иоанн Сергиев жил недалеко от Казанского собора в Знаменском переулке (в 5 квартале Тверской части, №405). У него был собственный просторный каменный дом с деревянным чердаком-мезонином. Иоанн Сергиев с семьей прятался на втором этаже, а все лестницы разобрали, чтобы французские солдаты не могли подняться наверх. На втором этаже спрятали и Казанскую икону, которую принес дьячок. Протоиерей Сергиев и дьячок Софониев дважды тайно служили всенощные на этом чердаке перед чудотворным образом под 14 и 20 сентября. Французы в это время еще хозяйничали в Москве.
28 сентября протоиерей Иоанн Сергиев вместе с Казанской иконой поехал в подмосковное село Пахрино Подольского уезда. 6 октября во время Тарутинского сражения Иоанн Сергиев и местный священник Петр Петров совершили молебен перед иконой, молясь Божией Матери о победе над врагом. Чтобы не собирать толпы народа, служили не в пахринской Троицкой церкви, где временно поместили икону, а в доме священника Петрова. Затем образ носили по домам местных жителей, в частности, она побывала в доме секретаря конюшенного завода Тимофея Буторина.
10 октября протоиерей Иоанн Сергиев вернулся из Пахрина в Москву, чтобы проведать свою больную мать. Вероятно, тогда же икона и вернулась на свое место в Казанский собор после почти месяца отсутствия. После ухода французов в Успенском кремлевском соборе нашли устроенные неприятельскими солдатами печи, в которых они переплавляли в слитки все награбленные из церквей драгоценности. Однако серебряная рама от Казанской иконы валялась у печи нетронутой - вероятно, французы приняли ее за медную.
В ночь с 11 на 12 октября французы перед окончательным выходом из города совершили свое последнее злодеяние. Они провели рвы под кремлевскими стенами, завалили их бочками с порохом и подожгли фитили. Иными словами они хотели взорвать Московский кремль вместе с его древними соборами. К счастью, начавшийся дождь затушил большую часть фитилей и размочил порох, но все же враг нанес большой урон кремлевским постройкам. Мощный взрыв разрушил часть южной стены крепости, здание арсенала и до половины верхнюю часть Никольской башни на Красной площади. Казанский собор находился в непосредственной близости от взрыва. Камнями была пробита крыша храма, и все внутри было завалено камнями. Но чудотворный образ Божией Матери, который уже вернулся на свое место в собор, не пострадал.
Дом протоиерея Иоанна Сергиева в Знаменском переулке, где первое время прятали Казанскую икону, наполовину сгорел в московском пожаре, а дьячок Захария Софониев скончался вскоре после событий 1812 года. Село Пахрино, где находилась икона с 28 сентября по 10 октября, больше не существует. Оно запустело еще в начале XX столетия. После 1933 года Троицкую церковь опустевшего села Пахрина разобрали на кирпичи для строительства школы. Пахрино находилось неподалеку от нынешнего села Ям Ленинского района близ реки Пахры и пересечения старого Каширского шоссе с трассой "Дон". Там же в селе Пахрино у Троицкой церкви был когда-то погребен подвижник XIX века блаженный Иван Степанович - основатель женской общины (впоследствии Воздвиженского монастыря) при селе Лукино.