В 1893 году Балтийский завод передали в казну, так как большую часть работ он выполнял по заказам Морского министерства.
Балтийский завод находился на самостоятельном расчете, то есть должен был существовать на средства, вырученные от выполнения казенных заказов, без дотаций министерства. Такие условия требовали от администрации бережного ведения хозяйства, чтобы не оказаться к исходу года без необходимых оборотных средств.
Руководителем завода, по номенклатуре Морского министерства, становится начальник завода, на должность которого был назначен генерал-майор Саверий Ксаверьевич Ратник, работавший до этого главным инженером в Николаеве, где он наблюдал за постройкой военных кораблей.
Саверий Ксаверьевич окончил Техническое училище морского ведомства (1875), участник Русско-турецкой войны 1877-1878 годов. В 1884 году с отличием окончил Николаевскую морскую академию. В течение десяти лет работал на южных верфях России вначале помощником наблюдающего за постройкой броненосцев «Чесма», «Синоп» и трех канонерских лодок (в Севастополе), а затем строителем броненосцев «Три Святителя»и «Двенадцать Апостолов» (в Николаеве).
С 1893 по 1905 год – начальник Балтийского завода. Продолжил и развил лучшие традиции управления заводом, сложившиеся при М. И. Кази.
Особое внимание обращал на использование передового опыт мирового судостроения, оснащение завода современным оборудованием и повышение на этой основе производительности труда. Много сделал для улучшения бытовых условий и социального обеспечения рабочих.
Если в 1894 году завод, с принадлежащим ему землями, сооружениями и оборудованием, оценивался почти в 4 млн. рублей, то в 1904 году –10, 143 млн. рублей. Прибыль выросла с 593 400 до 2 689 752 рублей. Число рабочих увеличилось с 2763 до 6868 человек.
Сооружение новых мастерских, реконструкция старых, рост числа рабочих позволил резко увеличить выпуск продукции. Под руководством Саверия Ратника на Балтийском заводе были построены 12 крупных кораблей общим водоизмещением 101 200 т. В это же время было изготовлено много разнообразной арматуры для котлов и паропроводов. В 1903 году завод имел 37 паровых котлов, 25 паровых и 193 электрических двигателя, 42 металлургические печи, 72 подъемных крана и 611 металлообрабатывающих станков.
Саверий Ратник в 1903 году был отмечен правлением завода благодарностью и премией «за успешное выполнение принятой в 1898 году Балтийским заводом программы судостроения».
Саверий Ксаверьевич является автором и реализатором проекта строительства в 1897-1900 гг. бронепалубного крейсера I ранга «Аврора», построенного по распоряжению главного инспектора кораблестроения Н. Е. Кутейникова от 7 марта 1895 года, и введённого в состав русского флота в 1903 году.
С 1905 года Саверий Ратник – генерал-лейтенант, главный инспектор кораблестроения морского ведомства, член комиссии по высшему кораблестроительному образованию при Николаевской морской академии.
После Русско-японской войны 1904-1905 годов провел анализ боевых повреждений кораблей, который был использован при разработке программ возрождения русского флота.
После выхода в отставку купил дом в курортном посёлке Боровая под Киевом, куда переехал с семьей. Занимался сельским хозяйством и увлекался живописью. Принимал активное участие в обустройстве посёлка, построил часовню. Умер в 1924 году в Боровой, похоронен в посёлке.