Уже в 1203 г., когда крестовый поход сбился с пути, раздавались голоса рыцарей, которые ратовали за то, чтобы завоевать Византию. Высказываемые ими доводы передает участник событий хронист Робер де Клари: империя «не подвластна Святому Престолу», а император Константинополя «узурпировал трон, свергнув своего брата и ослепив его». Крестоносцы руководствовались уже известными критериями справедливой войны, которые были разработаны в теологии и каноническом праве. Они считали, что политические события в Константинополе были грехом. Увидев в этом злодеянии вескую причину для решительных действий, латиняне полагали, что имеют право наказать греков.
По словам Робера де Клари, во время вторичного штурма Константинополя в апреле 1204 г. латинские священники «разъясняли пилигримам, что битва является законной, ибо греки — предатели и убийцы, и им чужда верность, ведь они убили своего законного сеньора, и они хуже евреев».
Другой довод в пользу штурма заключался в том, что, по мнению крестоносцев, греки если и не еретики, то схизматики, не подчиняющиеся Апостольскому Престолу, а значит, «враги Господа» (вспомним, что борьбу с вероотступниками Третий Латеранский собор приравнял к войне против неверных в Святой Земле). Вот как участник событий Жоффруа де Виллардуэн передает слова священника, обращающегося к рыцарям: «Война с ними (греками) будет правильной и справедливой, и если вы намереваетесь землю сию завоевать и подчинить Риму, то будет вам от наместника апостола прощение…».
Всем участникам штурма обещали отпущение грехов. Перед битвой воины исповедовались и причащались. Опираясь на традиционные представления о справедливой войне, крестоносцы пытались оправдать свои действия. Однако решение о войне мог принять только Папа. В крестовом походе 1202–1204 годов рыцари вышли за рамки своей власти, и Папа был против них. Его возмутило, что священники освободили воинов, участвовавших во взятии Константинополя, от обета крестоносца и обязательств продолжить путь к Иерусалиму. Но теперь ему пришлось признать сложившуюся ситуацию.
После взятия столицы на территории Византийской империи появились латинские государства, как это было в Палестине после Первого крестового похода. Латинская империя стала самым обширным из них и контролировала другие владения франков и венецианцев. На землях, которые крестоносцы не завоевали, возникли греческие государства. Самым сильным из них стала Никейская империя.
Эти изменения открыли новое направление крестоносной деятельности: походы против греческих государств в защиту Латинской империи и других франкских владений, на которые нападали то болгары, то греки.
Сам же папа Иннокентий III, вначале резко осудивший разгром Константинополя, затем стал поддерживать походы против византийцев, полагая, что крестовый поход в «Романию» (так в латинской Европе называли Византию) может быть промежуточным этапом на пути крестоносцев в Святую Землю. Понтифик также считал, что эти крестоносные экспедиции помогут привести византийцев к послушанию и подчинению Святому Престолу, что было частью давнишнего проекта папства, стремившегося к абсолютной гегемонии в средневековой Европе. В дальнейшем римские папы — Гонорий III, Григорий IX и др. — будут вербовать для походов против греков новых воинов и точно так же жаловать им духовные и светские привилегии и отпускать им грехи, как это было во время походов на Восток. Вот так парадоксальным образом военные походы против единоверцев были приравнены к крестовым походам в Святую Землю.