Корни возникновения древнеегипетского государства уходят в так называемый додинастический период, в тот его хронологический этап, который носит название «Накада II». Еще тогда на территории будущего египетского государства, в Верхнем (южном) Египте происходили важные социальные сдвиги, которые ныне фиксирует наука. А именно: в могильниках отмечается возросшая дифференциация погребений. То есть, речь идет о том, что возникли и развились элитные погребения, погребения знатных людей. Это прямо указывает на то, что общество переставало быть однородным и в нем возникала элита. В погребениях этой элиты часто использовались такие материалы как золото и лазурит, то есть сырье, которое привозили издалека, и эта исключительность намекает на возросшую иерархичность общества.
Элиты того времени, вожди, держали в своих руках контроль над распределением сырья, которое ввозили из-за «границ» прото-египетского общества, а также над изготовлением из этого сырья ремесленных изделий, которые воспринимались как исключительные, и которые не могли использоваться кем-то не принадлежащим к верхушке общества. Такие изделия являлись символом статуса человека, который пользовался ими, или же могилу которого они украшали (в таком случае статус погребения проецировался и на живых представителей рода). Источники, которыми ныне обладают ученые недостаточны, но высказывается предположение, что именно в то время, основные додинастические центры на территории Египта, также становились и центрами ремесленного производства. Вокруг Южного города в Накаде воздвигаются стены, как и вокруг иных ключевых центров додинастического Египта.
В период Накада II (3600 – 3120 гг. до н.э.) характерные для данной культуры памятники начинают проникать с юга на север. Один из самых заслуженных исследователей ранней истории Египта – британский археолог Уильям Питри, в свое время, обнаружил характерный накадский могильник на севере Египта, близ Фаюмского оазиса у Эль-Герзы. Именно эта находка породила альтернативное название всего периода, к которому она относилась – Герзейская культура. Позже были обнаружены и другие памятники в Дельте Нила, которые показывали, что характерные для юга культурные образцы, мигрируют на север. Как правило, данную тенденцию объясняют тем, что в тот долгий период (все таки несколько столетий) население с юга проникало на север.
Золото в Египет проникало из Восточной пустыни, как и некоторые камни, которые также могли рассматриваться как статусные предметы. Это сырье в первую очередь направлялось на юг, что и привело к возникновению там города Нубт (древнее название Накады), что значит «город золота». Именно там было расположено крупнейшее из найденных додинастических кладбищ. Появление излишков зерна и развитие ремесленного производства шли рука об руку; прото-египетская знать могла обменивать излишки зерна, собираемого с заливных полей Верхнего Египта на относительно редки ремесленные изделия, чем еще больше утверждала свой привилегированный статус. Высказывается предположение, что торговцы, которые тогда могли уже обособиться как отдельная социальная группа, были первыми, кто с юга стал идти на север Египта, прокладывая дорогу будущему сближению частей государства, которое в тот момент еще не существовало. Ученые не обладают достаточными сведениями (можно сказать – и вовсе не обладают) о взаимоотношениях севера и юга Египта в тот период, но делают осторожные предположения, что изначально их контакты были мирными.
Южный Египет был заинтересован в установлении связей с севером, ведь через тот пролегали торговые пути с регионами Восточного Средиземноморья (нужно сказать, что хоть государств тогда, в нашем представлении, еще не было – но торговые пути связывали районы расположенные друг от друга на огромном расстоянии, чего стоит только лазурит, обнаруживаемый в Египте, ведь добывался он на территории современного Афганистана). Помимо сухопутных связей между двумя регионами Египта усиливались и водные (по Нилу, естественно) коммуникации – в тот период появились крупные лодки, материал для которых также ввозили «из-за границы»: кедр, из которого строили эти лодки, рос не в Египте, а в Леванте (на территории современного Ливана).
Предполагается, что в Нижнем Египте, культурная экспансия с юга, могла встречать и некоторое сопротивление. На севере в то время существовала культура Маади, но в конечном счете она была постепенно замещена культурными образцами (речь прежде всего идет о керамике – характерных предметах, которые обнаруживают в ходе раскопок) Накады II. Слои с образцами Накада идут поверх слоев, в которых лежат предметы культуры Маади. Подобное замещение проиллюстрирована находками в таких центрах Северной Дельты, как Телль Ибрагим Авад, Телль эль-Руба, и, конечно же, Буто. В Телль эль-Фархе, еще одном центре додинастической Дельты между слоями Маади и Накада идет слой песка, который указывает, что по неизвестным причинам поселение было покинуто, а позже вновь заселено людьми культуры Накада.