Это значит: сомневаться насчет решения, которое вы уже приняли, а правильное ли это было решение.
Перевод: сожалеть о чем-то или сомневаться в чем-то.
Суть идиомы, я думаю, понятна. Когда вы принимали решение в первый раз, у вас были первые мысли об этом. Когда решение принято, но у вас возникают уже другие мысли, то это вторые мысли.
Примеры:
→ I had never had second thoughts about my decision to leave the company. – Я никогда не сожалел о моем решении уйти из компании.
→ My advice to anyone having second thoughts about attending the marathon is to go and have fun. – Мой совет любому, кто сомневается в необходимости посетить марафон, - приходите и хорошо проведите время.
И немного модифицированный вариант этой идиомы.
→ In such a project there is no room for second thoughts halfway through. – В таком проекте нет места для сомнений на полпути.
Успехов!