Он погиб в результате покушения 21 августа 1998 года. Мощный взрыв прогремел во дворе джума-мечети г. Махачкалы.
В тот день Сайидмухаммад-хаджи Абубакаров ехал на пятничный намаз на своей машине. В автомобиле вместе с ним находился его водитель Хайдар и родной брат Ахмад. Взрыв был настолько мощным, что никто из находившихся в автомобиле не остался в живых.
Он ушёл из жизни в расцвете лет, оставив героический след в истории мусульманской уммы.
Дорогие братья и сёстры! Прочтём суру Аль-Фатиха, суру Аль-Ихляс (трижды), суры Аль-Фаляк и Ан-Нас и отдадим вознаграждение за это душе Сайидмухаммада-хаджи.