Во второй половине XVII века пришедший в Россию из Европы стиль барокко медленно, но верно завоёвывал место под солнцем, но и древнерусское искусство не собиралось оставлять свои позиции, в итоге слившись с новомодными культурными веяниями в единый стиль нарышкинского барокко, оставившего множество архитектурных памятников преимущественно культового назначения, среди которых важное место занимает храм Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове, в котором оригинально слились старое и новое русское искусство.
Храм Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове является одним из старейших храмов Москвы, первый деревянный Покровский храм на этом месте был построен ещё в XV веке и простоял на этом месте необычайно долгие для подобных храмов 100 лет, но не пережил набега крымских татар под предводительством Девлет Гирея в 1571 году. После похода крымских татар Измайлово лежало в руинах до 1610-х годов, когда боярин Никита Иванович Романов в честь венчания на царство своего двоюродного брата Михаила построил здесь трёхшатровый деревянный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В 1670-х годах прежде отдалённое Измайлово стало царской резиденцией и прежний Покровский храм перестал вписываться в её ландшафт, поэтому было принято решение отстроить его заново в камне и в стиле нарышкинского барокко, ставшего очень модным во второй половине XVII века.
Строительство третьего по счёту храма Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове началось в 1671 году по личному указу царя Алексея Михайловича, а за образец при его строительстве костромские мастера Иван Кузнечик, Григорий и Фёдор Медведев взяли Покровский собор в Александровской слободе. К 1675 году в Измайлове был достроен кирпичный четырёхстолпный крестово-купольный храм без подклета, отличавшего Покровский собор в Александровской слободе, но с многоцветными изразцами, насчитывающими 11 видов рисунков, заполнившими все закомары храма, всего для декора храма Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове было использовано 60 тысяч изразцовых плиток, изготовленных мастерами Степаном Полубесом и Игнатом Максимовым. Все строительные и отделочные работы в храме Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове были завершены в 1679 году, тогда же он был освящён лично патриархом Московским и всея Руси Иоакимом в присутствии царя Фёдора Алексеевича.
Храм Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове моментально стал главным храмом царской резиденции в Измайлово, оставаясь им даже после переноса столицы в Санкт-Петербург, здесь служились службы по наиболее важным событиям в жизни императорской фамилии. В 1812 году положение придворного храма вышло храму Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлово вышло ему боком, занявшие Москву французские солдаты разграбили его подчистую, а при отступлении - подожгли. В результате этого погрома храм Покрова Пресвятой Богородицы пришёл в полный упадок, просел его фундамент, появилась огромная трещина на фасаде, покосились купола. В 1825 году из-за опасности дальнейшего разрушения Покровского храма в Измайлове там были прекращены богослужения, речь уже шла о его сносе, но в 1837 году по указу императора Николая I в Измайлово было начато строительство богадельни для воинов-инвалидов по проекту архитектора Константина Тона, отреставрировавшего Покровский храм и пристроившего к нему корпуса будущей богадельни, сделав его таким образом её домовым храмом. Как церковь при Императорской военной богадельне, храм Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлово пережил свой второй рассвет, там была проведена система пневматического отопления по проекту генерал-майора Николая Аммосова и появилась своя святыня - Измайловский список Иерусалимской иконы Божией матери.
В 1918 году Императорская военная богадельня была закрыта, её корпуса были отданы под жилые дома, а в Покровском храме разместился архив НКВД, при этом иконы из иконостаса храма пошли на полки для документов (это выяснилось в 1960-х годах, тогда же прекрасно сохранившиеся иконы были переданы в музей Андрея Рублёва). После войны в Покровском храме размещались склады, сначала фруктовый, затем склад "Информэлектро", от такого соседства Покровский храм пришёл в упадок и в 1983 году началась его реставрация, завершившаяся в 1990-х годах его передачей Русской православной церкви. В настоящее время храм Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове является действующей православной церковью и объектом Измайловского музея-заповедника.