На второй год Великой Отечественной войны в Красной Армии произошло событие, не имевшее аналогов. Официально оно именовалось «переаттестацией» комиссаров и имело свою предысторию.
Военно-политический состав Красной Армии и Военно-морского флота СССР имел свои специфические воинские звания, которые вводились Постановлением ЦИК СССР и СНК СССР от 22-го сентября 1935 года «О введении персональных военных званий начальствующего состава РККА» взамен всех прежних званий политсостава служебной категории К-14 (комиссар округа, комиссар фронта и равные им).
Отныне в СССР появились армейские, корпусные, дивизионные комиссары и т.д. Армейский комиссар 1-го ранга соответствовал званию командарма 1-го ранга (впоследствии - генерала армии).
7-го мая 1940 года был снят со своего поста Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов, возглавлявший военное ведомство СССР в течение 15-ти лет. Ему на смену пришёл Командующий Северо-Западным фронтом в советско-финской войне командарм 1-го ранга С. К. Тимошенко, получивший вместе с новой должностью и высшее воинское звание Маршала. Новый нарком начал с укрепления дисциплины в рядах РККА и 12-го августа, по его настоятельной просьбе был отменён институт военных комиссаров. Тимошенко с цифрами в руках доказывал, что свыше 70% политработники не имели не только военного образования, но и даже обыкновенной военной подготовки.
Тимошенко справедливо заметил: «Два начальника – один командир, а второй надзирающий за ним – размывали ответственность за исполнение боевой задачи – становилось непонятно, кто из них конкретно отвечает за поражение?».
От урезанного института «комиссарства» оставались только заместители командиров по политической части с функцией воспитательной работы. Таким образом, в армии снова была упразднена функция надзора за командным и начальствующим составом РККА. Ведомство тогдашнего Начальника Главного управления политической пропаганды РККА Л. З. Мехлиса моментально лишилось многих рычагов давления, а сам Мехлис передал управление члену Военного Совета 13-й армии во время финской кампании А. И. Запорожцу, а сам стал наркомом государственного контроля СССР.
Однако вскоре бывший Главный комиссар РККА быстро наверстал упущенное. В сложных условиях начального периода Великой Отечественной войны, когда наблюдалась массовая сдача в плен командиров всех уровней, 16-го июля 1941 года было решено вновь вернуться к системе военных комиссаров – их снова наделили теми же контрольными функциями, какие были у них в 1918 - 1925 годах. Теперь они подчинялись напрямую Главному политическому управлению РККА, которое вновь возглавил Мехлис. Репрессии лавиной прокатились по всем командным звеньям в армии.
Однако и на этот раз институт комиссарства просуществовал недолго, всего год. Отменить институт военных комиссаров Сталина отчасти вынудил и огромный дефицит командирских кадров, создавшийся после поражений и неудач начального периода войны. Например, только в окружении под Киевом летом 1941 года РККА потеряла свыше 50 тысяч человек командного состава.
По некоторым данным, наиболее ярыми сторонниками ликвидации института военных комиссаров были будущие Маршалы Советского Союза И. С. Конев и Г. К. Жуков.
Якобы тогда генерал Конев в разговоре со Сталиным поставил вопрос о ликвидации института военных комиссаров в Красной Армии, мотивируя тем, что этот институт сейчас не нужен. Главное, что сейчас нужно в армии, доказывал он, это единоначалие.
Конев говорил: «Зачем мне нужен комиссар, когда я и сам им был! Мне нужен помощник, заместитель по политической работе в войсках, чтобы я был спокоен за этот участок работы, а с остальным я и так справлюсь. Командный состав доказал свою преданность Родине и не нуждается в дополнительном контроле, а в институте военных комиссаров есть элемент недоверия нашим командным кадрам».
По свидетельству Главного маршала авиации Голованова слова Конева произвели впечатление на Сталина, и он стал выяснять мнения по этому вопросу. Большинство военачальников поддержало Конева.
9-го октября 1942 года Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об установлении полного единоначалия и упразднении института военных комиссаров в Красной Армии» институт комиссаров был заменён институтом заместителей командиров по политический части (замполитов). Вместе с тем специальные воинские звания были упразднены, имевшим их военнослужащим присвоены соответствующие общевойсковые звания.
Переаттестация комиссаров не подразумевала автоматическое присвоение им соответствующих общевойсковых званий.
Так, в частности, начальник Главного политического управления РККА армейский комиссар 1-го ранга А. И. Запорожец 8-го октября 1942 года был понижен в звании до корпусного комиссара, из которого постановлением СНК СССР от 6-го декабря 1942 года переаттестован в генерал-лейтенанты.
Чуть раньше (4-го июня 1942 года), армейский комиссар 1-го ранга Л. З. Мехлис был понижен в звании до корпусного комиссара, а 6-го декабря 1942 года – генерал-лейтенанта.
Несмотря на то, что звание армейского комиссара 1-го ранга соответствовало званию генерал армии, при переаттестации единственный тогда армейский комиссар 1-го ранга Е. А. Щаденко, заместитель Наркома обороны - начальник Главного управления формирования и укомплектования войск Красной Армии, получил «всего лишь» воинское звание генерал-полковник.
Такая же участь постигла и некоторых армейских комиссаров 2-го ранга -
- Начальник Главного управления политической пропаганды РККФ И. В. Рогов был переаттестован в генерал-лейтенанты береговой службы;
- член Военного Совета Дальневосточного фронта Н. И. Бирюков – в генерал-лейтенанты танковых войск;
- заместитель Начальника Главного политуправления РККА и член Военного совета 60-й армии Ф. Ф. Кузнецов – в генерал-лейтенанты.
А вот заместитель командующего ВВС СССР по политчасти П. С. Степанов был переаттестован лишь в генерал-майоры авиации (т.е. с понижением).
Замполиты не имели комиссарских полномочий, их функции ограничивались политической работой среди личного состава. Организационно замполит не занимал особого положения, считаясь одним из заместителей командира и в полной мере ему подчиняясь. После замены должностей комиссары частей и соединений автоматически стали замполитами. Как правило, звания комиссарам присваивались по занимаемой на момент переаттестации должности, но обычно на ступень ниже штатного звания соответствующего командира. Некоторое время замполитов продолжали неофициально называть «комиссарами», но со временем это обыкновение отмерло.
29-го марта 1943 года вышел приказ Наркома обороны СССР «Об установлении обязательного минимума военных знаний для политических работников Красной Армии».
Есть две точки зрения на институт советских военных комиссаров 1918 - 1942 г.г. Кто-то считал, и до сих пор считает, что комиссары, якобы, только мешали командирам командовать, «путались у них под ногами» или «отсиживались в тылу», что они были «лишними», «ненужными» и т.п. Другая, противоположная точка зрения состоит в том, что комиссары в самые критические периоды реально спасали армию от разгрома, порою принимая на себя командование, поднимали в войсках боевой дух, укрепляли дисциплину, воспитывали солдат и матросов в коммунистическом ключе.