В Псковской летописи 1363 года записано:
...В лето 6891... заложиша на Гремячеи горе Козма и Демьан
Это самое первое упоминание.
Возвели же церковь для Космодемьянского монастыря. Богатым он был в свое время: имел 18 деревень и 1 сельцо, 11 лавок на Торгу - шапочные, ременные, калачные и в подчинении было 266 душ (считали только мужчин в возрасте где-то от 16 до 50 лет, сколько было женщин и детей - неизвестно), а еще у монастыря была своя мельница, да на Псковском озере были выделены свои места для ловли рыбы.
А еще тут в 17 веке похоронен известнейший правящий архиерей Псковской земли Макарий (когда-то он был одним из кандидатов на Патриарший престол в России, участвовал во многих Церковных соборов, а еще является одним из авторов выписки из правил Св. отцов на осуждение Патриарха Никона «за самовольный уход»). Вот так вот архиепископ Макарий был современником грозных событий 1650 года. Видел он от своей паствы много горя и тяжких оскорблений: во время бунта псковичи много раз грозили ему смертью и даже сажали на цепь.
В 1764 году по указу Екатерины II монастырь упраздняют, а церковь Козьмы и Дамиана превращается в приходскую. В 1787 году приписывают к Петропавловскому собору (церковь Петра и Павла с Буя).
Богослужения стали в ней проводиться три раза в году: на Пасху, Рождество и Престольный праздник.
К началу 19 века церковь сильно ветшает (появляются трещины, окна стоят без стекол, зимой внутрь попадает снег). В 1820 году принимают решение его снести. Но люди не позволили: прихожане и причт Петропавловского собора собрали средства на реставрацию храма. Но лет через 30 опять потребовался ремонт, деньги на который пожертвовал купец, почетный гражданин Пскова И.М.Стехновский, а еще он выделил средства и на содержание храма.
В советский период церковь стояла закрытая.
Сейчас в церкви Косьмы и Дамиана с Гремячей горы возобновились службы и начались ремонтные работы.
