До 1439 года Русская церковь не была самостоятельной и Греческая церковь поставляла митрополитов на Русь. Многие из них стали выдающимися личностями в истории России, например патриарх Гермоген, который в Смутное время призывал русский народ сплотиться против поляков и был за это умучен голодом поляками. Однако последний митрополит Исидор печально прославился тем, что пошёл на соглашение с католиками и подписал Флорентийскую унию.
При Василии Тёмном до 1431 года митрополитом был Фотий, который много потрудился, чтобы доказать свою полезность, но после его смерти 6 лет не было митрополита
В 1437 году Василий собрал всех епископов, их выбор пал на Рязанского митрополита Иону. Однако, когда Иона прибыл в Константинополь на поставление в митрополиты, то выяснилось, что на Русь уже поставлен другой митрополит Исидор. Делать нечего пришлось Василию с этим согласиться.
Исидор прибыл в Москву, но не надолго, ему пришло приглашение прибыть на VIII Вселенский собор во Флоренцию, где предполагалась уния (объединение) западной и Восточной церквей. К сожалению император Византии Иоанн VIII Палеолог (супруг дочери Василия I Анны) согласился на это объединение.
Дело в том, что для Византии в этот период наступили страшные времена, практически вся страна была захвачена была захвачена турками-османами, Константинополь был осаждён. Император Иоанн VIII обратился за помощью к Риму с просьбой начать новый крестовый поход против захватчиков, однако папа Евгений IV потребовал объединить католиков и православных и признать верховенство папского престола.
Великий латинский Собор во Флоренции был назначен на февраль 1439 года.
Василий посылал Исидора с единственной целью – образумить западных еретиков, он предоставил Исидору многочисленную свиту и целый обоз с многочисленными дорогими подарками.
Исидор дал обещание Василию и обманул его, подписав Флорентийскую унию. Его греческая подпись гласила: «Исидор, митрополит Киевский и всея Руси и представитель Апостольской кафедры Святейшего Патриарха Антиохийского Дорофея, с любовию соглашаясь и соодобряя, подписую»
В Россию он вернулся через год, однако в Москву сразу не поехал, служил сначала в Новгороде, потом в Твери, службу вёл на латинский манер в православных церквях. В Москву вступил торжественно с несением католического креста. Народ ничего не понимал и ждал реакции царя.
На первой литургии в Успенском соборе Исидор в молитве поминал папу, а после богослужения зачитал Флорентийскую унию, присутствующие в храме были возмущены. Узнав, о таком кощунстве Василий Тёмный назвал Исидора «лютым волком» и лжепастырем, его заточили в Чудовом монастыре. Позже Исидор сбежал в Рим, Василий не стал его разыскивать, не желая международного скандала.
В Константинополе большинство православных епископов, вернувшихся с собора отказались от унии и заявили, что их заставили силой пойти на это соглашение с католиками. Восточные патриархи осудили Флорентийскую унию на Константинопольском соборе в 1450 году, а через три года 29 мая 1453 года Константинополь был захвачен турками османами под предводительством султана Мехмеда II, в Греции это расценили как наказание Божие за грехи.
Московское княжество осталось единым независимым православным государством. В 1443 году Василий самолично возвёл в митрополиты Иону Рязанского. Фактическим началом автокефалии русской церкви принято считать 1448 год, когда поместный собор избрал Иону митрополитом Киевским и всея Руси.
После падения Константинополя независимость Русской церкви закрепилась.
