В середине XVII века храм святого Климента упомянут уже как каменный.
В 1756 году началась масштабная перестройка храма и работы были завершены лишь к 1774 году.
Деньги на строительство храма давал купец Кузьма Матвеев. По богатству своих фасадов Климентовский храм принадлежит к выдающимся образцам барокко в Москве.
Внутри храма полностью сохранилась отделка интерьера XVIII века.
