Госорганы управления аптечным делом появились на Смоленщине лишь в 1918 году, когда был учреждён Смоленский Губернский Отдел народного здравия, заведующий всеми медицинскими учреждениями и аптеками губернии. Но несмотря на столь позднее возникновение государственного органа, аптечное дело в Смоленске существовало и раньше.
Первая казённая аптека была открыта в 1736 году, ко второй половине XVIII века к ней прибавились ещё 3 частных, откуда и закупались лекарства для лечебных заведений по довольно дорогим ценам. Открытие мелких аптек для крестьян в своих собственных имениях было распространённой практикой для мелких помещиков. Работали в таких заведениях обычно крепостные фельдшеры, которые по словам владельцев обучались в московских больницах, но аттестата о том не имеют. К 1866 году число аптек в городе выросло до трёх, также по одной аптеке находилось в каждом уезде, они имели частных владельцев и находились под контролем частного инспектора. При обнаружении просроченных медикаментов или иных нарушений аптека передавалась в заведование другому лицу.
Так как цены на медикаменты были очень высокими, и их закупка для больниц выходила в кругленькую сумму, в 1875 году при Смоленской губернской земской больнице была открыта собственная аптека, что позволило снизить расходы на лекарства с 3500 до 2500 рублей.
Одной из самых старинных аптек, сохранившихся до наших дней, можно назвать аптеку на улице Ленина, 4, которая изначально принадлежала Мего, затем перешла во владение Мертенса. В аптеках осуществлялась торговля не только лекарствами, но и парфюмерией, предметами личной гигиены и маслами.