Минюст сообщил, что Муратов внесен в реестр иностранных агентов за распространение материалов иностранных агентов и "использование иностранных площадок для распространения мнений, направленных на формирование негативного отношения к внешней и внутренней политике России".
Помимо Муратова, в реестр иностранных агентов были внесены еще восемь физических лиц и одна организация. Среди них - экономист, профессор Чикагского университета, бывший вице-президент Российской экономической школы (РЭШ) Константин Сонин, бывший заместитель председателя Санкт-Петербургского городского совета Максим Резник, бывший член Comedy Club Руслан Ягода, Ксения Ларина (настоящее имя Оксана Баршева), писатель Олег Радзинский и другие. Кроме того, движение "Новая Тива" было внесено в реестр иностранных агентов.
Муратов, как и филиппинская журналистка Мария Ресса, был удостоен Нобелевской премии мира в октябре 2021 года. Нобелевский комитет тогда объявил, что премия присуждена за усилия по защите свободы слова, "являющейся необходимым условием демократии и прочного мира".
Нобелевский комитет отметил, что Муратов "десятилетиями защищал свободу слова в России" и стал одним из основателей "Новой газеты" в 1993 г., которая стала "важным источником информации о важнейших аспектах жизни российского общества, редко освещаемых в других СМИ".
В марте 2022 года "Новая газета" прекратила свою деятельность, получив два предупреждения от Роскомнадзора за упоминание немаркированных иностранных НКО. Вслед за ней прекратил свою деятельность журнал "Новая история". В конце июля 2022 г. Роскомнадзор потребовал аннулировать лицензию журнала, ссылаясь на то, что "Новая газета" не представила устав редакции в установленный Законом о СМИ срок, а в начале сентября Басманный суд Москвы принял решение об аннулировании лицензии "Новой газеты". На следующий день тот же суд вынес аналогичное решение в отношении "Новой газеты". 15 сентября Верховный суд РФ по заявлению Роскомнадзора лишил "Новую газету" лицензии на размещение сайта.
