В середине 1920-х гг. Савватиево стало центром 2-го отделения СЛОН, Именно это отделение осуществляло основной объем лагерных лесозаготовок. Участки по заготовке леса считались самым гиблым местом в лагере. За зиму на лесоповале погибала четверть работавших там заключенных, а выжившие заключенные покидали лесные командировки инвалидами и «доходягами» с правом на медленную и мучительную смерть. Зимой 1926 г. был издан приказ, дающий право начальникам лесозаготовок расстреливать на месте без суда отказников.
В 1930 г. лесозаготовки на Соловках были прекращены из-за тифозной эпидемии и перехода лагеря на эксплуатацию более выгодных лесных массивов на материке. После этого в Савватиево действовал один из лагерных сельхозов, в котором, в основном, работали заключенные женщины.
В начале 1937 г. 8-е Соловецкое специальное отделение Беломорско-Балтийского комбината было реорганизовано в Соловецкую тюрьму особого назначения (СТОН), одно из подразделений которой стало Савватиево. В СТОН содержались «социально-опасные» преступники, а также заключенные материковых лагерей, нарушавшие лагерный режим и трудовую дисциплину, совершавшие побеги и нарушавшие лагерный режим. Для заключенных Соловецкой тюрьмы установили особо строгие условия содержания. В дверях камер появились глазки и «кормушки», в окнах – решетки. Возле тюремных корпусов, на первом этаже которых окна были забиты глухими щитами, устроили дворики для прогулок. В тюремных камерах днем разрешалось только сидеть на кроватях, не опираясь на стену. За малейшее нарушение тюремного режима следовал карцер до пяти суток или лишение прогулки до 10 дней.
В декабре 1939 года Соловецкая тюрьма была закрыта. По ходатайству Наркомата Военно-Морского флота Соловецкие острова были переданы Северному флоту, который организовал на них Учебный отряд.
Во время Великой Отечественной войны, в 1942-1945 гг., на Соловках, в составе Учебного отряда Северного Флота, действовала Школа юнг. Сотни мальчиков в возрасте 15-16 лет приехали по путевкам комсомола со всей страны на Соловецкие острова, чтобы получить морскую специальность. Соловецкая Школа юнг состояла из двух батальонов. 1-й батальон дислоцировался в Савватиево и готовил радистов, рулевых и боцманов. 2-й батальон находился в Кремле, и там готовили мотористов и электриков. Продолжительность обучения составляла 12 месяцев. Кроме занятий по военным специальностям, в учебную программу входили общеобразовательные дисциплины.
После окончания Школы юнги направлялись на фронт. За годы существования на Соловках Школа юнг подготовила для Военно-морского флота 4111 военных специалистов. Треть из них отдали свои жизни в сражениях Великой Отечественной войны.
В Савватиево не хватало жилых помещений, и перед подростками встала трудная задача самим построить себе жилье. В келейных корпусах размещались учебные классы и помещения для командного и преподавательского состава. На территории скита стояли баня, столовая, клуб и другие хозяйственные постройки. Жили юнги в землянках, построенных своими руками. 30 таких землянок стояли вдоль дороги от Савватиево к Исаково. В одной землянке размещалось по 50 человек.
Среди выпускников Соловецкой школы юнг был юнга первого призыва Валентин Пикуль, автор многочисленных художественных произведений на историческую и военно-морскую тематику..
В послевоенные годы вокруг Савватиево поддерживались сенокосы, в зданиях скита жили наемные рабочие Учебного отряда Северного флота. В 70-е - 80-е годы ХХ века различные архангельские организации несколько раз безуспешно пытались приспособить скит для базы отдыха. Эти попытки привели лишь к запустению и разрушению монастырских памятников.
Летом 1993 года в Савватиево возобновилась монашеская жизнь. Сразу же начались работы по консервации зданий, чтобы спасти их от атмосферных разрушений, начавшихся в 1981 году после пожара. Рядом с братским корпусом разбиты огороды и устроены теплицы, где выращиваются овощи для монастыря.
В летнее время в работах по восстановлению скита и поддержанию его жизнедеятельности принимают участие православные паломники, а также добровольные помощники. Люди, проживающие в Савватиевском скиту, живут по его распорядку. Они участвуют в богослужениях, выходят на послушания, а также имеют возможность и время для прогулки в лес или лодочной прогулки по озерной системе скита.
