Структура сюжета представляет повествование в виде мистического телесериала, где каждая серия посвящена отдельной загадке и собственной тематике в рамках общего сюжета, а сам эпизод заканчивается клиффхэнгером. Игра включает повествование от первого лица и использует художественные приёмы, позаимствованные у телевидения. К примеру, вступления «Ранее в Алане Уэйке…» с пересказом событий прошлого эпизода помогают в краткой форме напомнить игроку о событиях прошлой серии. В конце каждой серии звучат разные песни, имитируя стилистику некоторых шоу, в которых новая песня появляется во время финальных титров.
Сюжетно игра разделена на эпизоды, стилизованные под серии телевизионного сериала. Каждый эпизод имеет свою завязку, кульминацию и окончание,оставляющее задел для развития сюжета в следующем эпизоде.
Эпизод 1: Кошмар
Успешный когда-то американский писатель Алан Уэйк, автор серии книг о детективе Алексе Кейси, два года не может выбраться из творческого кризиса. В попытке преодолеть его Алан с женой Элис отправляются на отдых в городок Брайт-Фолс, расположенный в глуши штата Вашингтон. Они снимают дом на островке посреди озера Колдрон, однако ночью нечто нападает на Элис и утаскивает её под воду. Алан бросается за ней в озеро, теряет сознание и приходит в себя за рулём разбившейся машины на лесной дороге ночью. Добираясь до ближайшего поселения, он сталкивается с обитающими в лесу "одержимыми" - окутанными тьмой бывшими людьми, для убийства которых нужно сперва снять с них оболочку тьмы ярким светом фонарика. Алану удаётся связаться с местным шерифом Сарой Брейкер, которая рассказывает, что никакого островка на озере Колдрон нет уже полвека - он ушёл под воду из-за извержения подводного вулкана в 1970 году; также Алан узнаёт, что с момента их с Элис прибытия в город прошла уже неделя, событий которой он не помнит. В городок приезжает литературный агент Алана, Барри, обеспокоенный недельной пропажей Алана.
Эпизод 2: Одержимые
В полицейском участке Алан не рассказывает о происходившем, решив, что его сочтут сумасшедшим. Ему звонит некто, представившийся похитителем Элис и требует явиться ночью на Пик Влюблённых, чтобы обговорить условия выкупа. Пройдя по лесу, полному одержимых, Алан встречается с похитителем, требующим, чтобы Уэйк отдал ему рукопись своего нового романа, который он якобы написал за прошедшую неделю. После того, как Алан в прошлом эпизоде пришёл в себя на месте автокатастрофы, он периодически находит в мире листы неизвестного романа, в котором описываются события, происходящие с Аланом, или которые лишь произойдут. Рукописи у Алана нет, он просит отсрочку в двое суток, чтобы дописать роман, и возвращается к Барри, помогая тому отбиться от стаи одержимых птиц. Местная официантка Роуз звонит Барри и говорит, что рукопись у неё.
Эпизод 3: Выкуп
Алан с Барри приезжают к Роуз, но та вместо рукописи поит их чаем со снотворным. Алан просыпается ночью, выходит из дома Роуз и встречается с агентом ФБР Найтингейлом, подозревающим его в неизвестном преступлении. Алан бежит от полиции через лес, обитающая в нём Тёмная сущность убивает полицейских и уничтожает полицейские машины и вертолёты. Оторвавшись от полиции и всё ещё не имея рукописи, Алан идёт на назначенную встречу с похитителем Элен, на которую тот не приходит. Позже он звонит и меняет место встречи на Миррор-пик. Добравшись туда, Алан застаёт похитителя с разрушенной психикой - он лгал о похищении, Элен не у него, кто-то просто дал ему задачу получить от Алана роман. Тёмный вихрь набрасывается на похитителя и убивает его, Алан падает со смотровой площадки в озеро.
Эпизод 4: Правда
Алан приходит в себя в клинике доктора Хартмана для душевнобольных людей искусства. Элис хотела, чтобы Хартман помог Алану справиться с творческим кризисом, поэтому и пригласила его в Брайт-Фолс. Хартман рассказывает Алану, что Элис утонула в озере, а все последующие события - проявление душевной болезни Алана, который не смог смириться с гибелью жены и вообразил себе фантастический мир, в котором он пишет рукопись, события которой воплощаются в реальности, и борется с тьмой с помощью света. Алан не верит Хартману, а два других пациента клиники, братья Тор и Один Андерсоны, в отсутствие Хартмана сообщают Алану, что Хартман лжёт, пичкает пациентов препаратами, но на старой ферме Андерсонов хранится нечто, что прольёт свет на происходящее. Начинается буря, Тёмная сущность нападает на клинику, Алан освобождается и находит листы своего романа в кабинете Хартмана, последним же овладевает Тёмная сущность. Алан сбегает из клиники и вместе с Барри направляется на ферму Андерсонов. Братья когда-то были рок-музыкантами и построили на ферме рок-сцену, которую Алан с Барри используют, чтобы отбиться от нападения одержимых. Наконец они находят то, о чём говорили Андерсоны - старую песню братьев "Поэт и муза", где говорится, что чтобы вернуть свою любимую, герою нужно обратиться к "Леди света". Речь о местной городской сумасшедшей Синтии Уивер по прозвищу "Фонарная леди" - старухе, которая везде ходит с лампой, проверяет лампочки и бормочет что-то об опасности тьмы.
Алан с Барри напиваются и засыпают в доме Андерсонов, а Алан во сне вспоминает события пропущенной недели. Разбитый предполагаемой гибелью жены, он той ночью вернулся в дом и встретил Тёмную сущность в обличье старухи. Та сказала, что озеро Колдрон обладает магической силой - талантливый творец, написавший там художественное произведение, воплотит его в реальность. Старуха предложила Алану написать роман о том, как Элис спаслась из озера, Алан занялся этим под редакторским контролем старухи, но вскоре понял, что в получающемся романе Тёмная сущность набирает силу и что роман неизбежно закончится тем, что она вырвется из озера и убьёт и Алана, и всех жителей города. Пока Алан писал роман, он узнал, что десятилетия назад на этом же острове жил другой писатель - Томас Зейн со своей женой Барбарой Джаггер. Ту тоже похитила Тёмная сущность, Зейн тоже пытался вернуть её творчеством, но в обличье Барбары к Зейну вернулась Тёмная сущность. Поняв это, он убил её и дописал своему произведению концовку, в которой остров и сам Зейн погибают при извержении подводного вулкана, рухнув на дно озера Колдрон. За прошедшие десятилетия Тёмная сущность вновь набрала силу и попыталась вырваться из озера, используя талант другого писателя - Алана. Усыпив бдительность Тёмной сущности, Алан вписывает в свой роман Томаса Зейна, который освобождает Алана из обители Тьмы, позволив ему вернуться на берег озера. Алан едет в Брайт-Фолс, но попадает в аварию, описанную в первом эпизоде.
Эпизод 5: Щелкунчик
Алан и Барри просыпаются в местной тюрьме - Найтингейл таки нашёл их. Он обвиняет Алана в происходящих убийствах, изучив его рукопись, в которой описано в том числе убийство Найтингейла - тут же Тёмная сущность убивает его так, как описано в романе. Шериф Сара, увидев это, верит Алану и говорит, что Фонарная Леди живёт на местной заброшенной ГЭС и что добраться до неё можно на полицейском вертолёте. Герои пробиваются к вертолёту через Брайт-Фолс, находящийся во власти Тёмной сущности; ближе к цели Алан падает с вертолёта, когда тот атакуют одержимые птицы, и добирается до ГЭС на своих двоих. Синтия говорит ему, что Томас Зейн завещал ей хранить некий артефакт на случай, если Тёмная сущность вернётся, и что она десятилетиями хранила его в ярко освещённой комнате на дамбе ГЭС. Артефактом оказывается "Щелкунчик" - старый выключатель от настольной лампы, предмет из детства Алана, который в фантазиях Алана-ребёнка разгонял тьму и отпугивал чудовищ, скрывающихся во тьме. Алан понимает, что, вооружённый Щелкунчиком, он должен войти в озеро Колдрон и сразиться с Тёмной сущностью, после чего дописать оставленный в Тёмной обители роман, чтобы спасли Элис.
Эпизод 6: Уход
Алан движется к озеру Колдрон, пока Тёмная сущность пытается убить его всеми возможными способами. Он прыгает в озеро с обрыва и оказывается в Тёмной обители, где убивает Тёмную сущность в образе старухи (Барбары Джаггер), включив перед ней Щелкунчик. Но сев за пишущую машинку, чтобы дописать роман, он понимает, что не может так просто спасти и себя, и Элис - талантливое художественное произведение должно подчиняться своей внутренней логике, в триллере не может быть идеального хеппи-энда. Он понимает, что может спасти Элис, но взамен должен отдать Тёмной обители себя, что и делает. Алан дописывает роман и меняет историю - неделю назад Элис выныривает из озера и обнаруживает, что островок на озере Колдрон исчез и нет никаких следов Алана. Тёмная сущность не прорывается в город.
Дополнительный эпизод 1: Сигнал
Эпизод, продолжающий основную сюжетную линию, начинается с того, что Алан попадает в сюрреалистическую версию города Брайт-Фоллс, и понимает, что он по-прежнему находится под озером Колдрон в Тёмной Обители. На помощь ему приходит Зэйн, который руководит писателем при помощи мобильного телефона, чтобы тот смог вывести себя из Тёмной Обители и добраться до того места, где написанное может стать реальностью. Во время путешествия ему попадаются несколько телевизионных экранов, которые показывают ему безумную версию себя, что говорит о последующих событиях, предостерегая Алана. Кроме того, писатель сталкивается с альтернативной версией Барри, плодом его подсознания, который также помогает Алану пройти его путь.
Сигнал Зэйна приводит Алана на лесопилку, но когда он исследует её, он попадает обратно в свою городскую квартиру. Появляется Зэйн и говорит о том, что Алан и есть та вещь, которая держит его в Тёмной Обители. Алан отказывается верить в это, но позже опять встречается с безумной версией себя, которая пытается убить его. Алан побеждает безумного себя и просыпается в доме на озере, где понимает, что он по-прежнему находится в ловушке.
Дополнительный эпизод 2: Писатель
По-прежнему находясь в ловушке Тёмной Обители, Алан приходит в себя, чтобы найти свои старые воспоминания о Брайт-Фоллс после ухода из домика на озере Колдрон и фермы Андерсонов. Зэйн говорит ему о том, что Алан должен проложить себе путь обратно в дом на озере Колдрон через маяк. Окружающая среда начинает становиться крайне сюрреалистичной, но Алан продолжает следовать указаниям Зэйна, обходя препятствия. Зэйн предупреждает Алана о том, что настоящий он по-прежнему находится в доме, контролируемый Тёмной Сущностью, при том, что нынешний Алан также является частью его воображения, и он должен разбудить себя. В это время безумная версия писателя пытается остановить Алана на пути к дому, создавая иллюзии Элис, гася свет маяка и отправляя одержимых.
В конечном счёте Алан все же достигает своей цели. Он проходит через маяк и вновь оказывается рядом с домом. Когда он достигает дома, иллюзия Барри говорит ему о том, что Алану суждено отказаться от всех своих иллюзий, прежде чем он сможет разбудить свою безумную версию. Алан начинает сражаться с иллюзиями доктора Хартмана, братьев Андерсонов и самого Барри. Победив их, Алан смог вернуться в дом. Он застал себя в параноидальном состоянии на полу. Он прикоснулся к своей безумной версии и пробудил себя. Алан, понимая, что он не может больше впасть в состояние бреда и выйти из Тёмной Обители тем путём, которым вошёл туда Зэйн, подходит к пишущей машинке для того, чтобы написать новую книгу — «Возвращение».
